Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,796,162 C→T P99L (CCG→CTG)  ygaV → predicted DNA‑binding transcriptional regulator

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,796,1620CT100.0% 345.2 / NA 120P99L (CCG→CTG) ygaVpredicted DNA‑binding transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (120/0);  total (120/0)

Only 100 of 120 total aligned reads displayed.

TTGTCCGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTAAT  >  W3110S.gb/2796157‑2796219
     |                                                         
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGGCAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:364690/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTcgccgc                     >  1:391315/1‑44 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAAtt     >  1:411702/1‑60 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:41292/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:596261/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:561042/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:534108/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:530860/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:526592/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:518369/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:511781/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:474410/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:458288/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:442870/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:4208/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:611186/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:408423/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:37471/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:355879/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:354047/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:348216/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:331418/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:329932/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:293780/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:761939/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:97848/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:957656/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:950449/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:944264/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:929606/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:867364/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:830277/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:828860/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:819758/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:779990/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:779250/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:316929/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:70101/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:694056/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:680295/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:670553/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:670430/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:664255/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:660886/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:655412/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:642517/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:638858/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:614846/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1226598/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:274608/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1476020/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1447909/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1419911/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1378809/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1370141/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1335112/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1301444/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1276838/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1255781/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1253466/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1228930/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1487861/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1198767/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1197944/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1196092/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1182595/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1150054/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1137425/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1130934/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1111772/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1081200/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1048231/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1037130/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1030506/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:16362/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:24858/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:247830/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:246930/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:232691/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:229534/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:200138/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:193338/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1502901/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1635720/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1628716/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1623262/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1622722/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:160159/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1596724/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1591196/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1589620/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:158858/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1526041/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1523816/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTa    >  1:214615/1‑61 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTa    >  1:334704/1‑61 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTa    >  1:1511052/1‑61 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGAACAAGAATTaa   >  1:328712/1‑62 (MQ=255)
ttGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTACGCCGCATGATGCACAAGAATTaa   >  1:1025372/1‑62 (MQ=255)
 tGTCTGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTAAt  >  1:854257/1‑62 (MQ=255)
     |                                                         
TTGTCCGTAAGGAGTCACTATGGCTTTGACAACCATTTCGCCGCATGATGCACAAGAATTAAT  >  W3110S.gb/2796157‑2796219

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A