Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,843,721 A→G F469F (TTT→TTC)  hycE ← hydrogenase 3, large subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,843,7210AG100.0% 344.3 / NA 121F469F (TTT→TTC) hycEhydrogenase 3, large subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/121);  total (0/121)

Only 100 of 121 total aligned reads displayed.

ATCGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCAAAGCGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCTT  >  W3110S.gb/2843688‑2843749
                                 |                            
gtcGCCGCGCGGCGCTTCTGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1165648/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTTCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1579616/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:924358/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:541189/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:509177/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:450567/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:392396/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:385398/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:332343/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:329001/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:946959/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:261419/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:25541/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:209707/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:202085/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1641815/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1627900/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:161969/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1607657/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1581157/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:690588/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:883811/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:826177/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:821599/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:799475/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:770877/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:766174/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:758457/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:706648/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1631154/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:667713/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:656788/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:645403/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:623266/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:599065/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:598828/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:900163/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:903989/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1406056/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1215930/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1214046/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1278803/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1284005/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1313102/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:947494/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1335618/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1187512/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1169151/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1389590/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1159767/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1148494/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1133458/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1399004/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:140675/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:970634/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:988496/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1506459/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:150472/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1060670/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1069589/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1433492/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1105067/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1458941/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1107203/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1441350/61‑1 (MQ=37)
gtcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCACAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1045758/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1196170/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:889980/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:609945/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:735757/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:708052/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:487607/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:241432/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1556093/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1572082/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1504460/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1483213/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1464951/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1457075/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1021281/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:23111/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:569878/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1393492/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:351137/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:362019/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1343465/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:439037/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:46857/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1292682/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:54910/61‑1 (MQ=255)
 tcGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1252473/61‑1 (MQ=255)
 ccgccgcGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:212289/60‑1 (MQ=37)
   gccgcGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:552304/59‑1 (MQ=37)
   gccgcGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:540812/59‑1 (MQ=37)
   gccgcGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1523543/59‑1 (MQ=37)
      gcgcgGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:541987/56‑1 (MQ=37)
        gcggcgCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1036319/54‑1 (MQ=37)
         cggcgCTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:1096932/53‑1 (MQ=37)
           gcgcTTCGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:748447/51‑1 (MQ=37)
                 cGGCAAAGCCCAGCGCGAAACGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCtt  <  1:327563/45‑1 (MQ=38)
                                 |                            
ATCGCCGCGCGGCGCTTCGGCAAAGCCCAGCGCAAAGCGGTGCGGAATGTAGGTAAAGCCTT  >  W3110S.gb/2843688‑2843749

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A