Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,956,536 G→A G335G (GGC→GGT)  ptr ← protease III

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,956,5360GA100.0% 538.3 / NA 186G335G (GGC→GGT) ptrprotease III
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/186);  total (0/186)

Only 100 of 186 total aligned reads displayed.

GATAGGATCGGAGTTGGCGCTAATGCCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGAAA  >  W3110S.gb/2956512‑2956573
                        |                                     
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATTCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1090428/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:368007/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:522693/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:503269/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:471204/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:469834/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:467433/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:455185/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:443680/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:44165/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:408480/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:403667/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:376719/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:523147/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:34569/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:339346/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:331328/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:301900/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:26510/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:24690/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1000179/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:237903/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:21741/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:183604/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:731512/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:988675/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:9839/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:95798/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:926197/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:911970/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:873450/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:85398/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:847261/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:814758/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:78653/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:245688/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:716631/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:713554/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:695484/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:690665/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:687112/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:674834/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:59752/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:56678/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:553775/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:537960/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1204891/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1333989/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1330225/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1314257/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1308040/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1648459/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1278636/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1241079/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1230628/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1221550/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1217240/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1213456/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1288304/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1198257/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:116888/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1152352/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1136911/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1109650/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1102205/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1085159/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1040655/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1029386/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:101212/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:135827/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:161283/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1601949/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1587932/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:157950/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:156617/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1558526/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1550015/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1527253/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1485788/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1483291/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1444108/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1336936/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1360180/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1368656/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:143207/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1386153/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCAGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1186570/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAAACCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:560895/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCCCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:608609/62‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:633074/61‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1054832/61‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:430260/61‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:754929/61‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:714309/61‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1511855/61‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:349663/61‑1 (MQ=255)
   aGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1165173/59‑1 (MQ=255)
     gATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:289163/57‑1 (MQ=255)
               ggCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1430470/47‑1 (MQ=255)
                gcgcTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:770362/46‑1 (MQ=255)
                        |                                     
GATAGGATCGGAGTTGGCGCTAATGCCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGAAA  >  W3110S.gb/2956512‑2956573

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A