Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,965,213 A→G I626I (ATT→ATC)  ptsP ← fused PEP‑protein phosphotransferase (enzyme I) of PTS system

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,965,2130AG100.0% 312.5 / NA 107I626I (ATT→ATC) ptsPfused PEP‑protein phosphotransferase (enzyme I) of PTS system
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (107/0);  total (107/0)

Only 100 of 107 total aligned reads displayed.

TTCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGAATGTATTGAGTCAGATCGTTGGTGCC  >  W3110S.gb/2965178‑2965239
                                   |                          
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCa               >  1:1572019/1‑49 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTg       >  1:378267/1‑57 (MQ=39)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1427517/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1001886/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1432649/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:608327/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:145580/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1482746/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:565219/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1544718/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1555040/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:155617/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:519962/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1570093/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1598218/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1599433/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:496446/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1632240/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:490540/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:458050/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:214968/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:450814/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:234300/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:24732/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:275344/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:406936/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:332691/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:339225/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:356507/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:660198/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1000098/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1054963/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:936727/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1091745/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:907171/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1134489/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1138520/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:901841/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:866145/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:856475/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1388755/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:683845/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1335923/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1336359/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1366006/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1362921/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGAGcc  >  1:1478989/1‑62 (MQ=38)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTg    >  1:805908/1‑60 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:38270/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:723189/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:992295/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:973407/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:383853/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:590667/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:450719/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:688507/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:904498/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:45093/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:90272/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:466611/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:695602/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:497114/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:841523/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:824667/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:810744/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1240190/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1355334/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1338506/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1327837/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1326101/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1325836/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1320718/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:126580/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1250051/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1371770/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1209775/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1202342/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1172769/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1104958/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1085666/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1076650/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1051354/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1617310/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:325351/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:321182/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:239707/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:228696/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:181434/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:167000/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1647787/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1641329/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:379277/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1606061/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1559182/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1506259/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:147275/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:143566/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGcc  >  1:1381377/1‑62 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGc   >  1:541750/1‑61 (MQ=255)
ttCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCAAGGATGTATTGCGTCAGATCGTTGGTGc   >  1:797853/1‑61 (MQ=255)
                                   |                          
TTCGCCACCCGGGTATTGTTGCGATCAACGGCCAGAATGTATTGAGTCAGATCGTTGGTGCC  >  W3110S.gb/2965178‑2965239

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A