Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,106,618 A→G D398D (GAT→GAC)  speC ← ornithine decarboxylase, constitutive

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,106,6180AG100.0% 276.1 / NA 95D398D (GAT→GAC) speCornithine decarboxylase, constitutive
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (95/0);  total (95/0)

GCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACATCCAGTGCAGCA  >  W3110S.gb/3106571‑3106630
                                               |            
gCCCACAGCCGCCGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:916107/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAg         >  1:219227/1‑53 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:503171/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:655833/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:623904/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:600375/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:599702/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:588968/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:582843/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:575357/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:534543/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:529984/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:527409/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:518217/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:680544/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:49652/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:397020/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:372825/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:353374/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:349424/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:341403/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:326970/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:326899/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:318316/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:758675/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:982837/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:963893/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:939036/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:892033/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:876129/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:865345/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:843718/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:812313/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:791697/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:786502/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:764777/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:679619/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:7524/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:745359/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:738759/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:737678/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:724672/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:709298/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:691333/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:689228/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:681825/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:303240/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1289969/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1001660/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1445424/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1399234/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1392600/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1392036/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1375982/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1356016/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1348079/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1319627/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1306153/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1299622/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1460820/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1240340/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1225290/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1200500/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1183040/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1149066/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1062658/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1045921/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1023883/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1016762/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1011387/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1618196/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:289117/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:286038/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:269451/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:258398/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:227041/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:203851/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:198285/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1629773/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:162967/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1460856/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1600438/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:159516/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1592337/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1578054/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1543590/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1541615/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1527979/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1518487/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1470132/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGggcggcg  >  1:1469587/1‑59 (MQ=255)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGGgcgg    >  1:510372/1‑56 (MQ=39)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGGgcgg    >  1:7400/1‑56 (MQ=39)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGGgcgg    >  1:173547/1‑56 (MQ=39)
gCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACGTCCAGGgcg     >  1:1127859/1‑56 (MQ=39)
                                               |            
GCCCACAGCCGACGCCCACTCTCCCCTTCATGAATTTTGGCGTTAACATCCAGTGCAGCA  >  W3110S.gb/3106571‑3106630

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A