Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,369,010 A→T D108E (GAT→GAA)  yhcH ← conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,369,0100AT100.0% 643.1 / NA 222D108E (GAT→GAA) yhcHconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (222/0);  total (222/0)

Only 100 of 222 total aligned reads displayed.

AAGATGATGGCTTGCTCGTTATCAATGGTGCTGCAAAGCTGATAATCATCCTCATGGTGGAA  >  W3110S.gb/3368990‑3369051
                    |                                         
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCTCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1107363/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCTAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:1037068/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGGTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:60369/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGAt                     >  1:1499353/3‑43 (MQ=38)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCa          >  1:955020/3‑54 (MQ=37)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCAtggtgg    >  1:857459/3‑60 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCAtggt      >  1:500840/3‑58 (MQ=38)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTTGaa  >  1:601496/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:401521/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:597024/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:586418/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:563386/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:552690/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:539010/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:507173/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:497153/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:450281/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:40317/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:622396/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:397169/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:392529/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:32493/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:265924/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:2448/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:226106/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:216747/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:212263/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:829407/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:968535/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:959250/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:916594/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:903450/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:890828/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:875097/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:873029/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:844888/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:83359/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:612276/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:781583/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:76607/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:711097/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:701464/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:689294/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:685177/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:672436/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:653134/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1018692/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1224475/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1422948/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1412500/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1400/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1386846/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1369741/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1367326/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1302126/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1274679/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:126818/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:125093/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1242859/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:183527/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1217695/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1175244/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1158802/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1144777/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1125926/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1123839/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1121399/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1096357/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1052726/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1031601/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:144360/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1434099/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1450188/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1457113/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1484829/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1576372/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1505147/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1528858/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1604111/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1539159/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1588271/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1548198/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:356166/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:973925/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:312422/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:303376/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:1629824/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:204452/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:1004799/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:1164832/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:371411/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:385678/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:787814/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:1554132/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:741654/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:1264870/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:436370/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:137814/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:532821/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAAACATCTTCAtgg       >  1:1338655/3‑57 (MQ=25)
                    |                                         
AAGATGATGGCTTGCTCGTTATCAATGGTGCTGCAAAGCTGATAATCATCCTCATGGTGGAA  >  W3110S.gb/3368990‑3369051

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A