Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,369,040 C→T E98E (GAG→GAA)  yhcH ← conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,369,0400CT100.0% 642.3 / NA 221E98E (GAG→GAA) yhcHconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (221/0);  total (221/0)

Only 100 of 221 total aligned reads displayed.

AAGATGATGGCTTGCTCGTTATCAATGGTGCTGCAAAGCTGATAATCATCCTCATGGTGGAA  >  W3110S.gb/3368990‑3369051
                                                  |           
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCTCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1107363/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCTAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:1037068/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGGTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:60369/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCa          >  1:955020/3‑54 (MQ=37)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCAtggtgg    >  1:538711/3‑60 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCAtggtgg    >  1:857459/3‑60 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCAtggt      >  1:500840/3‑58 (MQ=38)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTTGaa  >  1:601496/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:40317/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:599650/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:586418/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:563386/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:552690/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:507173/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:497153/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:452575/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:438357/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:657447/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:401521/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:4006/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:395837/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:33894/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:316378/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:265924/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:2448/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:24381/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:790516/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:968535/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:959250/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:916594/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:903450/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:890828/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:875097/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:873029/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:844888/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:83359/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:829407/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:612276/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:781583/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:76607/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:711097/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:708038/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:689294/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:685177/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:672436/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1018692/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:622396/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1364922/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1144777/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:144360/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1434099/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1422948/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1412317/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1400/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1386846/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1158802/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1369741/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1125926/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1302126/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1274679/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1267841/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1175244/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1212805/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:125093/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1242859/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1224475/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1121399/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:212263/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:193489/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1635148/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1031601/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1606504/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1588271/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1052726/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1096357/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1454985/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1576372/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1556992/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1123839/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1539159/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1528858/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1511247/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1501472/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGaa  >  1:1484829/3‑62 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:1164832/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:1004799/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:973925/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:741654/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:1264870/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:137814/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:539071/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:1446516/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:1553535/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:385678/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:371411/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:356166/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:303376/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:204452/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAATCATCTTCATGGTGGa   >  1:223729/3‑61 (MQ=255)
aggatgatGGCTTGCTCGTTTTCAATGGCGCTGCAAAGCTGATAAACATCTTCAtgg       >  1:1338655/3‑57 (MQ=25)
                                                  |           
AAGATGATGGCTTGCTCGTTATCAATGGTGCTGCAAAGCTGATAATCATCCTCATGGTGGAA  >  W3110S.gb/3368990‑3369051

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A