Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R2
|
489 |
0.0 |
1652083 |
58.3% |
963164 |
55.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,450,033 |
A→G |
G433G (GGT→GGC) |
rpoC ← |
RNA polymerase, beta prime subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,450,033 | 0 | A | G | 100.0%
| 12.6
/ NA
| 7 | G433G (GGT→GGC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (7/0); total (7/0) |
CCTGGATACCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGT > W3110S.gb/3450026‑3450094
|
ccTGGATGCCCAGACGGTGCAGCGTCGGCGCGCGGTTcagcagaa > 1:997170/1‑43 (MQ=25)
ccTGGATGCCCAGACGGTGCAGCGTCGGCGCGCGGTTcagcagaa > 1:1446955/1‑43 (MQ=25)
ccTGGATGCCCAGACGGTGCAGCGTCGGCGCGCGGTTcagcagaa > 1:1421732/1‑43 (MQ=25)
ccTGGATGCCCAGACGGTGCAGCGTCGGCGCGCGGTTcagcagaa > 1:1377195/1‑43 (MQ=25)
ccTGGATGCCCAGACGGTGCAGCGTCGGCGCGCGGTTcagcagaa > 1:913103/1‑43 (MQ=25)
ccTGGATGCCCAGACGGTGCAGCGTCGGCGCGCGGTTcagcagaa > 1:678543/1‑43 (MQ=25)
ccTGGATGCCCAGACGGTGCAGCGTCGGCGCGCGGTTca > 1:985515/1‑39 (MQ=21)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGTACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1478990/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCGGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1142465/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:5375/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:575879/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1651637/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:526610/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:518720/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:490157/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:587209/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:478721/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:466900/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:45457/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:436412/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:404050/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:36155/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:290452/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:23900/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:227482/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:196728/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:190382/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1566464/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:794751/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:950194/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:949239/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:924491/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:914592/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:8915/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:882326/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:853339/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:830320/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:818184/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:815606/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:804633/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:607382/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:784997/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:781910/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:749405/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:749043/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:745075/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:738678/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:723358/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:663478/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:653141/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:628826/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1161099/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1295368/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1295261/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1291543/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1267048/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1263187/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1262127/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1253852/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1245292/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1244346/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1235455/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1179324/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1304145/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1151493/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1150996/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1138420/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1096070/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1087889/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1085088/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1058042/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1050599/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1017194/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:101498/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1458959/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1612261/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1584081/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1014689/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1560820/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1550630/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1535416/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1528474/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1523941/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1522065/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:151404/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1489439/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1629340/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1437806/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1383882/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1382234/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:136533/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1364258/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1347168/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1338638/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1321610/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1308323/62‑1 (MQ=255)
aCCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGt < 1:1307679/62‑1 (MQ=255)
|
CCTGGATACCCAGACGGTGCAGAGTCGGTGCACGGTTCAGCAGTACCGGGTGTTCGCGGATAACTTCGT > W3110S.gb/3450026‑3450094
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
