Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,494,969 T→A I170I (ATT→ATA)  ptsA → fused predicted PTS enzymes Hpr component, enzyme I component, and enzyme IIA component

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,494,9690TA100.0% 663.0 / NA 228I170I (ATT→ATA) ptsAfused predicted PTS enzymes Hpr component, enzyme I component, and enzyme IIA component
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (0/228);  total (0/228)

Only 100 of 228 total aligned reads displayed.

AACATTGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCTCACCG  >  W3110S.gb/3494964‑3495025
     |                                                        
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGTTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:86062/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:664863/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:68730/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:640320/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:623186/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:59229/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:569616/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:55139/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:533928/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:518358/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:500710/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:490195/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:481470/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:473403/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:469553/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:446268/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:400031/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:394121/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:380119/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:368753/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:354230/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:342849/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:281967/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:260731/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:24511/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1005573/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:864474/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:988676/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:987248/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:981082/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:965900/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:957175/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:956318/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:948827/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:898239/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:884751/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:874849/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:865938/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:238493/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:857573/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:841952/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:828480/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:805653/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:782543/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:778185/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:759087/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:75595/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:72164/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:707029/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:695258/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1182473/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:136624/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1341201/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1319798/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1314777/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:131284/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1295045/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1291201/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1285466/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1264943/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1257537/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1228815/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1200881/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1377740/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1171664/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1146859/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1139415/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1122054/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1102137/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1097878/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1082207/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1068703/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1046321/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1023119/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1018947/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1552214/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:210385/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:199729/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1627153/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1623495/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1615385/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1613130/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1599883/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1585747/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1576773/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1564923/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1556851/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:236176/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:153500/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:151721/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1509442/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1499905/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1487938/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1473590/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1458585/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1451675/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1420269/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1416331/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:1411308/62‑1 (MQ=255)
aaCATAGAGTTTCGGCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCGCACCg  <  1:270729/62‑1 (MQ=255)
     |                                                        
AACATTGAGTTTCGTCTGCTGGATAGCGACGGTGCTACCAGCGCGATTCTGGAAGCTCACCG  >  W3110S.gb/3494964‑3495025

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A