Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,495,929 C→G L490L (CTC→CTG)  ptsA → fused predicted PTS enzymes Hpr component, enzyme I component, and enzyme IIA component

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,495,9290CG100.0% 806.9 / NA 273L490L (CTC→CTG) ptsAfused predicted PTS enzymes Hpr component, enzyme I component, and enzyme IIA component
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (273/0);  total (273/0)

Only 100 of 273 total aligned reads displayed.

TTGTTTACCACGCAGCTACGGTCGATCCTCCGCGCCTCCGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAT  >  W3110S.gb/3495900‑3495961
                             |                                
ttgttTACCTCACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:736980/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTc                          >  1:1627077/1‑38 (MQ=25)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGc                >  1:1519984/1‑48 (MQ=37)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCa   >  1:983812/1‑61 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCa   >  1:1383346/1‑61 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCa   >  1:614330/1‑61 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCa   >  1:600616/1‑61 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCa   >  1:426424/1‑61 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCa   >  1:404793/1‑61 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCa   >  1:358521/1‑61 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCa   >  1:1078430/1‑61 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:513345/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:314768/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:27609/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:337507/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:593058/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:586441/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:576076/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:560278/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:516925/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:343061/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:379587/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:490199/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:481995/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:473076/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:466842/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:434755/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:363731/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:423122/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:829666/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:979998/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:969011/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:964882/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:955314/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:938607/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:928870/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:92468/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:891029/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:885729/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:861076/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:845793/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:636662/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:802275/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:797912/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:781478/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:761216/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:742083/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:715584/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:702339/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:692101/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:686439/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:665367/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1209470/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:135660/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:287373/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1322996/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1306327/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1296727/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1284549/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1274280/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1248393/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:124090/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1231814/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1223289/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1342845/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1182380/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1174138/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:116494/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1124763/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1109825/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1102654/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1089408/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:105183/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1039345/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:101029/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1541985/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1000762/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:261722/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:243952/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:200206/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:184183/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:179631/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:175826/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1631740/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1623842/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1600858/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1557920/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1364051/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1508770/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1497822/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1487128/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1478551/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1470852/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1459576/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:144085/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:1401963/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAt  >  1:136908/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGACTGAAAATCAt  >  1:1013165/1‑62 (MQ=255)
ttgttTACCACACAACTACGGTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTAACGGCAGCCTGAAAATCa   >  1:1262130/1‑61 (MQ=255)
ttgttTACAACACAACTACGTTCGATCCTGCGCGCCTCTGCTCACGGCAGCCTGAAAATCa   >  1:691207/1‑61 (MQ=255)
                             |                                
TTGTTTACCACGCAGCTACGGTCGATCCTCCGCGCCTCCGCTCACGGCAGCCTGAAAATCAT  >  W3110S.gb/3495900‑3495961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A