Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,509,045 G→A V87I (GTT→ATT)  yiiX → predicted peptidoglycan peptidase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,509,0450GA100.0% 709.4 / NA 246V87I (GTT→ATT) yiiXpredicted peptidoglycan peptidase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (246/0);  total (246/0)

Only 100 of 250 total aligned reads displayed.

ATACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCATGGTGAAAAGGGCAAATACGTTGTTCGCCGCG  >  W3110S.gb/3508996‑3509057
                                                 |            
aTACCCCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:848112/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAATTACATTGTTCGCcgcg  >  1:35259/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACattgtt         >  1:610789/1‑55 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTcgccgg   >  1:900230/1‑60 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTcgccgc   >  1:1325413/1‑61 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTcgccgc   >  1:1334651/1‑61 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTcgccgc   >  1:1389454/1‑61 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTcgccgc   >  1:1652027/1‑61 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTcgccgc   >  1:1162987/1‑61 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTcgccgc   >  1:1151492/1‑61 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTcgccgc   >  1:37644/1‑61 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTcgccgc   >  1:328630/1‑61 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTcgccg    >  1:1526534/1‑60 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTcgc      >  1:1052003/1‑58 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCctcg  >  1:244414/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:556427/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:549204/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:526343/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:493961/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:489652/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:56600/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:411128/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:481029/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:458801/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:44548/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:442040/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:30352/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:402012/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:382631/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:346494/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:338026/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:986425/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:76356/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1008067/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:978346/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:968691/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:961058/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:937360/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:919401/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:885636/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:84223/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:7937/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:78666/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:57620/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:762603/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:72991/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:698326/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:685230/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:673720/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:654969/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:641638/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:616361/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:594785/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:591453/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1171815/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1400820/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1389348/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1366530/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1364728/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1339614/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1294762/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:127460/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1250797/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1244249/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1221252/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1195024/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1402167/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1128210/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1087958/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1075213/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1072563/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1063890/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1054505/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:104052/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1030543/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1024936/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1014290/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1584727/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:284712/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:276189/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:25942/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:219423/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:214315/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:201035/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:188644/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1640735/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1613633/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:16007/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:301422/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1570308/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:156365/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1559475/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:155794/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1550061/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1537003/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:145013/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1434759/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGCTGAAGATGGCAAATACATTGTTcgccgc   >  1:533229/1‑61 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCACGCTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1466454/1‑62 (MQ=255)
aTACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCAACGGTGAAGATGGCAAATACATTGTTCGCcgcg  >  1:1624417/1‑62 (MQ=255)
                                                 |            
ATACACCCCGCTCAAGCAGTGGATCGCCCATGGTGAAAAGGGCAAATACGTTGTTCGCCGCG  >  W3110S.gb/3508996‑3509057

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A