Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,588,354 C→T G454G (GGG→GGA)  polA ← fused DNA polymerase I 5'‑>3' exonuclease, 3'‑>5' polymerase and 3'‑>5' exonuclease

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,588,3540CT100.0% 577.5 / NA 199G454G (GGG→GGA) polAfused DNA polymerase I 5'‑>3' exonuclease, 3'‑>5' polymerase and 3'‑>5' exonuclease
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (199/0);  total (199/0)

Only 100 of 199 total aligned reads displayed.

TTCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGCCCGGCAACGCTATTGAGAATGTAGG  >  W3110S.gb/3588316‑3588379
                                      |                         
ttCAACCAACGTTCCGCTAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:862818/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGGCGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:500000/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCGGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:667281/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCaa                    >  1:1469727/1‑46 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATg      >  1:204163/1‑60 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATg      >  1:929015/1‑60 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:377025/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:606926/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:603804/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:583500/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:547528/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:531086/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:484260/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:474854/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:437266/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:413592/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:398314/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:645578/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:340960/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:314767/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:292988/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:281477/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:270104/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:250987/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:243746/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:23269/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:192237/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:822622/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:976143/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:975080/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:973977/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:970948/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:955023/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:939918/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:902792/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:878278/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:853089/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:848800/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:834187/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:633102/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:804593/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:785002/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:773054/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:766104/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:734630/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:7065/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:697956/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:68346/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:674999/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1010667/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1221173/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1340480/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1339455/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1332731/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1322223/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1317055/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1303403/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1290716/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1287970/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1267949/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1263767/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:126177/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1257432/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:178534/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1195979/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1181029/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:118063/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1155714/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1132556/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1110947/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1064443/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1057542/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1046528/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1018603/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1003735/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1485240/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1650464/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:164836/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1629144/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1624414/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1593908/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1588585/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1570971/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:154161/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1530402/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1504912/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:179185/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1479140/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1364476/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1459665/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1448139/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:142359/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1412038/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1411425/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1400293/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1384917/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:1376342/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCAGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:986615/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGAAGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGt     >  1:409383/1‑61 (MQ=255)
ttCAACCAACGTTC‑‑CGAGGCTGTCCATATCGTGACGTCCGGCAACGCTATTGAGAATGTAgg  >  1:1471696/1‑62 (MQ=255)
                                      |                         
TTCAACCAACGTTCCGCGAGGCTGTCCATATCGTGACGCCCGGCAACGCTATTGAGAATGTAGG  >  W3110S.gb/3588316‑3588379

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A