Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,710,473 A→G A82A (GCA→GCG)  mioC → FMN‑binding protein MioC

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,710,4730AG100.0% 438.0 / NA 150A82A (GCA→GCG) mioCFMN‑binding protein MioC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/150);  total (0/150)

Only 100 of 150 total aligned reads displayed.

TCTATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCAGTCCGCT  >  W3110S.gb/3710433‑3710480
                                        |       
tctATGTAGCATTGCAGTAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:564921/48‑1 (MQ=38)
tctATGAATCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCctct  <  1:1573393/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGATCAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1481842/48‑1 (MQ=38)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGTAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:408125/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:399058/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:241814/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:538161/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:532921/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:527254/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:509074/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:460840/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:425436/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:424213/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:417551/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:266825/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:252068/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:39797/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:393924/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:39171/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:367367/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:362800/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:347688/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:347056/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:33927/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:328053/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:290270/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:77169/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:951983/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:949210/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:932572/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:932556/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:913549/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:912110/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:901628/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:8819/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:857374/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:85044/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:830744/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:824513/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:538520/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:751688/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:745034/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:737401/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:709291/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:673518/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:669076/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:658365/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:655873/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:630996/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:613753/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:584381/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1201064/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1303090/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1298864/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1284425/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1276772/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1268895/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:126240/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1251686/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:124464/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1240298/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1230235/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1209962/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1323666/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1171301/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1158864/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1129597/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1115830/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:11128/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1111242/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1090219/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1088724/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1082447/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1081791/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1043315/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1553953/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:232134/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:222332/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:220876/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:176896/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1650266/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1641237/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1618583/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1599720/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1597531/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1583432/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1561174/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1004981/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1527327/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1509074/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1468833/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1428108/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1427973/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1405252/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1401454/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:137592/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1341042/48‑1 (MQ=255)
tctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1327199/48‑1 (MQ=255)
tctATCAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:671924/48‑1 (MQ=39)
 ctATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCGGTCCGCt  <  1:1616579/47‑1 (MQ=255)
                                        |       
TCTATGAAGCATTGCAGGAACAGAAGCCCGATCTTTCTGCAGTCCGCT  >  W3110S.gb/3710433‑3710480

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A