Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,748,556 A→T L143I (TTA→ATA)  tnaB ← tryptophan transporter of low affinity

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,748,5560AT100.0% 524.2 / NA 181L143I (TTA→ATA) tnaBtryptophan transporter of low affinity
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (181/0);  total (181/0)

Only 100 of 181 total aligned reads displayed.

CCCGAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTAACCACAATACGCTGGCA  >  W3110S.gb/3748512‑3748572
                                            |                
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACg        >  1:646323/1‑55 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACg        >  1:439844/1‑55 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGc   >  1:36453/1‑60 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:453754/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:588901/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:581229/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:578314/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:566342/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:544971/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:542270/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:525441/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:508103/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:498749/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:487747/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:4690/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:613524/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:449951/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:413787/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:401880/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:384381/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:349335/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:340012/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:327629/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:318454/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1018080/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:778041/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:983788/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:946170/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:942955/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:939083/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:893542/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:873814/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:868971/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:82030/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:816585/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:816341/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:791271/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:598434/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:749381/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:745282/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:724837/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:704503/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:673731/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:668068/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:657583/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:644467/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:635077/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:625793/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:310711/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1155056/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1367471/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1356266/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1325537/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1319245/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1301234/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1266038/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1247598/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1231438/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1212337/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1205019/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1196603/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1185904/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1375097/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1146654/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1146531/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1130554/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1113404/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1084966/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1057912/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1049077/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1042316/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1033150/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1027691/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1023256/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1583488/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:289601/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:288076/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:257933/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:205605/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:166666/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1624500/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1615622/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1607355/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1604940/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1594394/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1588125/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:295205/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1553697/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1544668/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1514368/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1489115/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1479005/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1472345/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:147123/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1466706/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:141953/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1401752/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:1385045/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGCCa  >  1:486789/1‑61 (MQ=255)
cccAAGGAACAATGAGGTAATACCACTGGCGGCTAACGAACTTATCCACAATACGCTGGCa  >  1:969227/1‑61 (MQ=255)
                                            |                
CCCGAGGAACAATGAGGTAATACGACTGGCGGCTAACGAACTTAACCACAATACGCTGGCA  >  W3110S.gb/3748512‑3748572

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A