Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R2
|
489 |
0.0 |
1652083 |
58.3% |
963164 |
55.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,781,729 |
G→A |
V477M (GTG→ATG) |
yidK → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,781,729 | 0 | G | A | 89.6%
| 520.9
/ 33.0
| 231 | V477M (GTG→ATG) | yidK | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/0); new base A (207/0); total (231/0) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.46e-01 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGGTGATCGGTTTTATCAAACCGCGCGCCACGCCGTTCACCTTCAAAGATGCGTTTGCG > W3110S.gb/3781675‑3781785
|
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:352643/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:562155/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:555587/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:539259/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:526084/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:52133/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:479761/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:469597/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:465399/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:437769/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:428906/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:384139/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:565879/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:317079/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:299596/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:292049/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:287981/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:265491/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:246671/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:228008/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:213169/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1012505/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:192536/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:173125/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:782922/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:972939/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:962026/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:944454/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:932115/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:919138/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:901013/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:892008/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:874049/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:869476/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:845010/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:796109/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:209247/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:763269/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:745486/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:727427/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:708870/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:704280/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:674016/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:654439/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:636366/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:618489/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:606120/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:594636/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1173975/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1373008/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1355918/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1330257/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1303915/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1286100/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1277763/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1259314/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1249650/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1238857/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1214151/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1180282/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1641349/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1161140/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1145036/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1142610/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1138740/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1118159/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1098929/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1065745/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1057730/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:103611/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1026627/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1015809/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1538633/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:166513/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1612742/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1600657/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1592844/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1588138/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1548704/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1548291/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1544199/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1529204/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1511507/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1496788/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1391986/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1403623/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:142142/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1438937/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1457011/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1472653/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCgg > 1:1492118/1‑62 (MQ=255)
cATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGATGATCg > 1:813860/1‑61 (MQ=255)
tGCTGGTGATCGGTTTTATCAAACCGCGCGCCACGCCGTTCACCTTCAAAGATGCGTTTGCg > 1:156199/1‑62 (MQ=255)
tGCTGGTGATCGGTTTTATCAAACCGCGCGCCACGCCGTTCACCTTCAAAGATGCGTTTGCg > 1:542672/1‑62 (MQ=255)
tGCTGGTGATCGGTTTTATCAAACCGCGCGCCACGCCGTTCACCTTCAAAGATGCGTTTGCg > 1:1081525/1‑62 (MQ=255)
tGCTGGTGATCGGTTTTATCAAACCGCGCGCCACGCCGTTCACCTTCAAAGATGCGTTTGCg > 1:244658/1‑62 (MQ=255)
tGCTGGTGATCGGTTTTATCAAACCGCGCGCCACGCCGTTCACCTTCAAAGATGCGTTTGCg > 1:595761/1‑62 (MQ=255)
tGCTGGTGATCGGTTTTATCAAACCGCGCGCCACGCCGTTCACCTTCAAAGATGCGTTTGCg > 1:1049267/1‑62 (MQ=255)
tGCTGGTGATCGGTTTTATCAAACCGCGCGCCACGCCGTTCACCTTCAAAGATGCGTTTGCg > 1:1346315/1‑62 (MQ=255)
tGCTGGTGATCGGTTTTATCAAACCGCGCGCCACGCCGTTCACCTTCAAAGATGCGTTTGCg > 1:417413/1‑62 (MQ=255)
|
CATTTCCTCTATGTGCTGGCCTGTACGTTCTGCATCAACGTGGTCGTGATGCTGGTGATCGGTTTTATCAAACCGCGCGCCACGCCGTTCACCTTCAAAGATGCGTTTGCG > W3110S.gb/3781675‑3781785
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
