Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R2
|
489 |
0.0 |
1652083 |
58.3% |
963164 |
55.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,799,427 |
C→T |
G305G (GGC→GGT) |
yicM → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,799,427 | 0 | C | T | 100.0%
| 479.5
/ NA
| 166 | G305G (GGC→GGT) | yicM | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (166/0); total (166/0) |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CCTGGCGGGATTCGGCGTGGATGGCTTAACGCTGGTGCTGTTGAGTTTTGGTATCGCCAGCT > W3110S.gb/3799412‑3799473
|
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTgg > 1:734147/2‑35 (MQ=21)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGc > 1:383972/2‑57 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAggt > 1:1519586/2‑60 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAg > 1:948089/2‑60 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:1237033/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:721659/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:1369130/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:471001/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:488799/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:808245/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:84071/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:427439/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:111711/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:358080/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:356012/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:582890/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:541463/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:52368/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:507306/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:49881/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:553219/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:642259/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:470329/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:463372/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:455896/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:446494/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:441013/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:432305/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:395623/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:379393/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:373641/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:759010/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:986389/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:942609/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:873960/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:872058/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:865924/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:846303/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:841373/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:823369/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:808319/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:780320/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:592601/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:757765/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:722385/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:697166/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:675065/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:663748/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:647451/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:30899/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:639796/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:625961/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1272709/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:333592/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1453013/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1445806/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1442407/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1428525/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1400585/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1362894/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1335748/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1328995/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1315175/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1283368/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1468264/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1264874/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1260216/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1211906/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1173386/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1160559/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1123267/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1115538/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1078947/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1066142/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1060611/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1012654/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1642766/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1007093/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:294337/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:286477/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:269835/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:263153/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:240710/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:240644/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:178389/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:175962/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1646167/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1471056/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1624921/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1605423/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1596981/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1594/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1591414/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:156584/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1564752/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1550674/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1524163/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1491437/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGATGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:693370/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATAGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:229483/2‑62 (MQ=255)
|
CCTGGCGGGATTCGGCGTGGATGGCTTAACGCTGGTGCTGTTGAGTTTTGGTATCGCCAGCT > W3110S.gb/3799412‑3799473
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
