Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R2
|
489 |
0.0 |
1652083 |
58.3% |
963164 |
55.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,029,115 |
C→T |
G144G (GGC→GGT) |
yhhS → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,029,115 | 0 | C | T | 100.0%
| 671.5
/ NA
| 244 | G144G (GGC→GGT) | yhhS | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (0/244); total (0/244) |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
GATCGACCCTATGGGGCGTTGGCGTGGTTGGCTCGCTGCATATCGGGCGGGTGATTTCGTGG > W3110S.gb/4029084‑4029145
|
gagcGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:930051/59‑1 (MQ=255)
gATCTACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1288618/62‑1 (MQ=255)
gATCGACGCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:285327/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGttg < 1:1089044/62‑3 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:354946/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:592442/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:553056/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:540968/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:516038/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:503017/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:485029/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:42367/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:387184/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:385260/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:372090/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:362096/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:639685/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:343529/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:337925/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:319434/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:298661/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:272643/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:249378/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:218927/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:197441/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:765829/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:98262/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:974558/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:927845/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:899507/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:87632/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:853860/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:849679/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:829334/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:797355/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:788430/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:615560/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:752409/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:738193/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:733751/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:727577/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:71535/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:690368/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:672293/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:658914/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1007730/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:632347/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1302322/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1407957/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1396384/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:167022/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1366876/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1353006/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1349770/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1348134/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1333893/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1325801/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1324033/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1320273/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1375003/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1273321/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1236772/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1228049/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1220538/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1205613/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1147740/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1118747/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1056323/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1038770/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1004781/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1439053/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:16398/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:163436/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1625254/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1611915/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1607933/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1596816/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1548773/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1529610/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1514426/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1473887/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1435484/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1442791/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1467031/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1488158/62‑1 (MQ=255)
gATCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGGGATTTCGTgg < 1:251588/62‑1 (MQ=255)
aTCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:156820/61‑1 (MQ=255)
aTCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:667867/61‑1 (MQ=255)
aTCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:837073/61‑1 (MQ=255)
aTCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:856925/61‑1 (MQ=255)
aTCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:420163/61‑1 (MQ=255)
aTCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:152186/61‑1 (MQ=255)
aTCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1488803/61‑1 (MQ=255)
tCGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:943406/60‑1 (MQ=255)
cGACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:260056/59‑1 (MQ=255)
gACCCTGTGGGGTGTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1245273/58‑1 (MQ=255)
gtgTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:149917/45‑1 (MQ=38)
gTTGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:949020/45‑1 (MQ=38)
tGGCGTGGTTGGTTCGCTACATATCGGGCGGGTGATTTCGTgg < 1:1188671/43‑1 (MQ=38)
ggttggttCGCTACATATCGGGCGGGTTATTTCGTgg < 1:467366/37‑1 (MQ=25)
|
GATCGACCCTATGGGGCGTTGGCGTGGTTGGCTCGCTGCATATCGGGCGGGTGATTTCGTGG > W3110S.gb/4029084‑4029145
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
