Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,314,185 C→G T492T (ACG→ACC)  alsA ← fused D‑allose transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,314,1850CG100.0% 896.7 / NA 302T492T (ACG→ACC) alsAfused D‑allose transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (302/0);  total (302/0)

Only 100 of 302 total aligned reads displayed.

GATTCGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGTG  >  W3110S.gb/4314181‑4314242
    |                                                         
gATTGGTCAGGATTTGCGTGAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:279659/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCTTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGAAGACgg    >  1:60179/1‑60 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGGAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:936724/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGaa                           >  1:1476755/1‑37 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAATACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:798230/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGa                   >  1:1473245/1‑45 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGAc      >  1:640261/1‑58 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACgg    >  1:1175037/1‑60 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACgg    >  1:1361695/1‑60 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACgg    >  1:1332902/1‑60 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACg     >  1:1012756/1‑59 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:488009/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:253246/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:582198/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:349542/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:579805/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:56002/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:537476/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:516412/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:497775/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:473692/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:451776/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:332908/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:438653/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:421275/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:412985/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:397819/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:379836/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:368859/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:358007/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:353363/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:808223/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:977454/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:971802/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:954467/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:945522/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:921329/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:90755/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:901720/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:891634/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:863391/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:838479/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:828379/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:606093/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:784750/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:754669/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:743419/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:715583/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:706491/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:6994/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:694742/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:68473/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:647601/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:623620/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1238006/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:294145/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1382050/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1347994/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1325792/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1322240/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1300833/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:12904/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1283893/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:126811/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1246182/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1404360/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:121677/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1194076/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1183077/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1161042/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:113735/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1127515/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1073180/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:105074/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1037706/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1032846/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1574909/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:273090/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:239013/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:208550/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:188161/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:170967/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1644225/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1636908/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:162245/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1604562/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1597176/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1411141/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1570126/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:156489/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:153380/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1532157/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1517759/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1503660/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1469357/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:146004/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1436657/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGt   >  1:1427395/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTC‑CAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGTg  >  1:1390349/1‑61 (MQ=255)
gATTGGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTAGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACCGt   >  1:1109634/1‑61 (MQ=255)
    |                                                         
GATTCGTCAGGATTTGCGTCAGTCGTCCTTCGCAGAACACGGCGATGCGGTCGCAGACGGTG  >  W3110S.gb/4314181‑4314242

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A