Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,329,474 2 bp→GT coding (371‑372/789 nt) phnC ← phosphonate/organophosphate ester transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,329,4740CG100.0% 546.2 / NA 187W124Y (TGG→TAC) phnCphosphonate/organophosphate ester transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (0/187);  total (0/187)
*W3110S.gb4,329,4750CT100.0% 528.1 / NA 187W124Y (TGG→TAC) phnCphosphonate/organophosphate ester transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/187);  total (0/187)

Only 100 of 187 total aligned reads displayed.

GCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGC  >  W3110S.gb/4329452‑4329513
                      ||                                      
gcTGTTTCTGCTCGCGGTTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:309781/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:493972/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:68807/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:687918/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:668283/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:653722/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:634454/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:619781/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:60325/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:589788/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:58247/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:55787/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:537983/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:506354/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:709898/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:483518/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:454996/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:402915/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:388418/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:33796/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:305180/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:294702/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:283211/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1007443/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:235197/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:872729/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:996330/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:990306/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:967632/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:95294/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:941321/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:938116/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:925664/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:918968/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:910813/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:895237/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:877307/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:278234/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:860671/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:848632/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:848280/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:84572/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:826955/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:802153/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:78650/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:754419/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:734906/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:73346/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:724393/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1132742/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1336734/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1304450/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:198748/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1260946/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1257771/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1253647/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1238443/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1177509/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1152614/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1151711/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1291121/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1130221/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1089251/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1084661/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1083242/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1075508/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1057968/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1043755/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1024218/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1010956/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1007853/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1460420/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1635632/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1562497/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1542317/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1531931/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1525173/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1511912/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:134589/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1495335/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1453243/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:170178/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:189389/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1441747/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1425412/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1412813/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1383571/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1378581/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1374794/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:19327/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGGTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:415086/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGATCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1031384/62‑1 (MQ=255)
gcTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGATCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1119735/62‑1 (MQ=255)
 cTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1019687/61‑1 (MQ=255)
 cTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1507593/61‑1 (MQ=255)
 cTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:852686/61‑1 (MQ=255)
 cTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1184350/61‑1 (MQ=255)
 cTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:758754/61‑1 (MQ=255)
 cTGTTTCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:1357725/61‑1 (MQ=255)
      tCTGCTCGCGGGTGAAGTAGCTAAAACAGGTTCGCCAGAATGGCGTGCTGCCGAgc  <  1:122276/56‑1 (MQ=255)
                      ||                                      
GCTGTTTCTGCTCGCCGGTGAACCAGCTAAAACAGGTGCGCCAGAACGGCGTGCTGCCGAGC  >  W3110S.gb/4329452‑4329513

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A