Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,432,800 G→A F200F (TTC→TTT)  ytfB ← predicted cell envelope opacity‑associated protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,432,8000GA100.0% 514.9 / NA 178F200F (TTC→TTT) ytfBpredicted cell envelope opacity‑associated protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/178);  total (0/178)

Only 100 of 178 total aligned reads displayed.

ATAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTGAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATC  >  W3110S.gb/4432774‑4432829
                          |                             
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCTGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:218508/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:644536/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:652744/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:607274/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:605110/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:576982/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:542656/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:527871/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:524894/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:499902/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:460112/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:449225/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:440424/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:428977/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:418885/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:368444/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:366949/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:347301/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:323658/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:310122/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:307015/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:293524/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:236581/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:23222/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1000149/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:856114/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:981717/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:972465/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:948870/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:942581/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:942052/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:927945/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:926031/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:914965/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:902822/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:901408/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:871445/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:226136/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:836442/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:823622/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:79862/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:790843/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:742155/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:71454/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:689224/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:685292/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:672557/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:668434/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:661929/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1124690/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:18686/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1347270/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1312853/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1312168/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:129349/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1274202/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1254241/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1248514/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1206233/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1195684/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1153576/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1370311/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1122595/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1106961/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1104012/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1097260/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1089819/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1077226/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1063117/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1059365/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1039491/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1033843/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1024136/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1391631/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:177415/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:172996/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1640203/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1615503/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1592986/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1582405/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1567678/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1561018/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1541392/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1534208/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1525865/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1513478/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1468063/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1464438/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1456646/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:144261/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1438136/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1425538/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1398420/56‑1 (MQ=255)
aTAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1378430/56‑1 (MQ=255)
 tAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1152160/55‑1 (MQ=255)
 tAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:736377/55‑1 (MQ=255)
 tAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:1254661/55‑1 (MQ=255)
 tAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:506706/55‑1 (MQ=255)
 tAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:179819/55‑1 (MQ=255)
               ggCTGGCGGGTAAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATc  <  1:311331/41‑1 (MQ=255)
                          |                             
ATAAAACTGCCATCCGGCTGGCGGGTGAACAGGACCTGTTGATTATTCCCCGTATC  >  W3110S.gb/4432774‑4432829

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A