Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,528,847 A→T S282S (TCT→TCA)  yjhH ← predicted lyase/synthase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,528,8470AT100.0% 355.1 / NA 123S282S (TCT→TCA) yjhHpredicted lyase/synthase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (123/0);  total (123/0)

Only 100 of 123 total aligned reads displayed.

ACTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCAGATGC  >  W3110S.gb/4528791‑4528852
                                                        |     
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGAt    >  1:284324/1‑60 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGAt    >  1:1555275/1‑60 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATg   >  1:290023/1‑61 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATg   >  1:974957/1‑61 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATg   >  1:884503/1‑61 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATg   >  1:615171/1‑61 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATg   >  1:667530/1‑61 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATg   >  1:180987/1‑61 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATg   >  1:420679/1‑61 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:455790/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:560254/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:479897/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:534731/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:538154/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:538945/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:546712/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:604808/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:454177/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:450968/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:448487/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:430385/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:423968/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:405043/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:394571/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:392458/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:385722/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:304810/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:290685/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:813336/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1066020/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:949176/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:931999/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:911986/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:889983/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:880089/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:873076/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:860072/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:85229/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:833886/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:833549/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:560363/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:784275/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:776169/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:745053/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:719904/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:707114/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:701728/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:645010/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:608567/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:989356/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:584652/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:127078/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1494564/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1489191/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1454467/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1431826/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1424106/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1392128/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1363711/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1339293/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1327545/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:130750/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1303067/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1510010/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1237501/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1229123/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1200847/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1147321/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1147106/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1142974/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1128828/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1093622/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1092006/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1083542/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:108235/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1596800/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:246951/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:243259/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:228686/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:224608/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:185570/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:175815/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:174163/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1647029/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1631973/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:163043/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1630407/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1611057/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:26453/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1580048/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1578568/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1576350/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1570449/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1533635/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1533515/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1513016/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGAAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATg   >  1:683939/1‑61 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGCGCCGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:541162/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGCCCTGAGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:487063/1‑62 (MQ=255)
aCTGGTAAAATGACCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCTGATGc  >  1:1526965/1‑62 (MQ=255)
                                                        |     
ACTGGTAAAATGCCCTGCGCGGTAAGCAGCACGTGGACTTTATCTTTTGCTTCTTCAGATGC  >  W3110S.gb/4528791‑4528852

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A