Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,572,902 A→T S100S (TCT→TCA)  yjiO ← multidrug efflux system protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,572,9020AT100.0% 768.0 / NA 262S100S (TCT→TCA) yjiOmultidrug efflux system protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (262/0);  total (262/0)

Only 100 of 262 total aligned reads displayed.

ATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAACTGTGTCATAGACG  >  W3110S.gb/4572858‑4572906
                                            |    
aTACTGGTGCCCTGAATTGCCCGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:673066/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGATATTGTGTCATTGa    >  1:1159819/1‑47 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGa    >  1:304211/1‑47 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGAc   >  1:834471/1‑48 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGAc   >  1:1258336/1‑48 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:538402/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:740765/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:652345/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:645269/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:639319/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:622663/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:607557/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:599653/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:576929/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:54100/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:328496/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:525948/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:498993/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:474769/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:458637/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:451383/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:307351/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:43575/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:420271/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:410947/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:369706/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:348519/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:875296/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:998242/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:997128/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:983133/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:980516/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:977714/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:966257/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:937269/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:929774/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:922722/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:916970/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:895560/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:701347/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:865765/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:853461/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:838923/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:824782/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:807644/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:780219/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:764231/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:761194/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:751148/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:280154/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:72838/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1221440/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:139565/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1373293/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1360627/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1353426/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1343293/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1323607/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1314124/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1301146/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1274236/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1240906/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1224492/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1402886/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1196296/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1180973/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1169931/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1152295/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1145618/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1129827/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1124204/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1095767/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1070337/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1033750/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1012118/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1545163/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1002159/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:26309/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:248008/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:235663/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:205815/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:188554/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1647327/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1622734/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1609422/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1573011/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1557598/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:297278/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1525016/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1519640/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1515344/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1513778/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1500569/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1489344/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1485507/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1429786/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1421877/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCACGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1598104/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGAACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1442750/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCATGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1264191/1‑49 (MQ=255)
                                            |    
ATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAACTGTGTCATAGACG  >  W3110S.gb/4572858‑4572906

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A