Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I1 R1 58 121.6 3649812 78.1% 2850503 56.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 497,059 C→A G142G (GGG→GGT)  galT ← galactose‑1‑phosphate uridylyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE497,0590CA100.0% 315.7 / NA 90G142G (GGG→GGT) galTgalactose‑1‑phosphate uridylyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (28/62);  total (28/62)

AAAACCTGCACCCATGGGTACGTTTTCCCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTCC  >  minE/497033‑497101
                          |                                          
aaaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:649906/62‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTTCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2894399/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:3281852/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:3347364/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:3274491/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:3264231/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:3056325/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:3056260/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:303180/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:3005613/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2989899/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2943157/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2852732/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2763143/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2739061/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2699270/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2646768/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2610530/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2474316/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:642071/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:949954/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:937916/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:883323/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:829353/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:788327/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:762077/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:712256/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:712192/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1028002/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:4810/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:39300/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:381438/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:366660/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:3630768/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:3385172/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:3377589/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1676696/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1024980/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1033437/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1117566/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1189026/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1348229/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1363994/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1373470/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1394331/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1413541/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1511540/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1627282/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1782436/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1812701/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1890245/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1962337/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1963371/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2311804/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2260489/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:201148/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2030537/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:2018803/61‑1 (MQ=255)
 aaaCCTGCACCCATGGGTACGGTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:3224994/61‑1 (MQ=255)
  taCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1977599/59‑1 (MQ=255)
  aaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1047406/60‑1 (MQ=255)
  aaCCTGCACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGAc         <  1:1608536/60‑1 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGttt                            >  1:2424725/1‑35 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGttt                            >  1:3109529/1‑35 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:1716704/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:3010709/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:3192858/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:84930/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:1075076/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:1802398/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:772701/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:2648641/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:2107142/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:2105138/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:707501/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:697181/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:2447143/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:2022676/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:581402/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:512755/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:509980/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:2854779/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:426041/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:1487164/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:2859503/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:1573293/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:3286882/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTcc  >  1:1683471/1‑61 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTc   >  1:872715/1‑60 (MQ=255)
        cACCCATGGGTACGTTTTACCCAGTTCTGCGGTATGCTCCTGCCACGtttt            >  1:3382246/1‑51 (MQ=255)
                          |                                          
AAAACCTGCACCCATGGGTACGTTTTCCCCAGTTCTGCGGTTTGCTCCTGCCAGGTTTTGACGATTTCC  >  minE/497033‑497101

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A