Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A6 F28 I1 R1	58	121.6	3649812	78.1%	2850503	56.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	1,178,900	C→T	S117L (TCA→TTA)	ansA →	cytoplasmic L‑asparaginase I

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,178,900	0	C	T	100.0%	260.7 / NA	73	S117L (TCA→TTA)	ansA	cytoplasmic L‑asparaginase I
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (73/0); total (73/0)

GAGAATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTCACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAATT > minE/1178866‑1178940

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:2195449/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:444436/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:414581/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:1637576/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:1712578/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:380828/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:1512414/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:2179916/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:3284046/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:1246468/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:2520379/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:2618169/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:2737362/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:2920151/1‑61 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGc                 >  1:248932/1‑60 (MQ=255)

gagaATCTCGGTAAACCGGTCATTGCGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGct                >  1:3507475/1‑61 (MQ=39)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGCCGGACAAAtt  >  1:1002839/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:714144/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2858499/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:989025/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:987379/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2994799/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:889215/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:831950/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:3040256/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:727401/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:3080151/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:3140235/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:3259764/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:466554/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:3407322/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:711713/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:627570/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:3432849/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:3435219/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:3502142/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:510654/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:3547998/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:503784/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:383113/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:479654/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1859539/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1028026/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1060205/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1081018/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1218174/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1268328/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1356266/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1465545/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1477612/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1486611/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1560690/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1616232/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1647030/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1677530/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1838124/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2796858/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1895636/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1913677/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:1939636/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2113371/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2149597/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2255570/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2397937/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2460387/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2462869/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2498545/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2658003/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2751512/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAtt  >  1:2779268/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAAt   >  1:3503465/1‑61 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGAAAAAtt  >  1:2330346/1‑62 (MQ=255)

             aaCCGGTCATTGTGACAGGGTTACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGATCTGACGGACAAAtt  >  1:1645081/1‑62 (MQ=255)

GAGAATCTCGGTAAACCGGTCATTGTGACAGGGTCACAAATCCCGCTGGCTGAGTTACGCTCTGACGGACAAATT > minE/1178866‑1178940

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A