Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I1 R1 58 121.6 3649812 78.1% 2850503 56.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 1,202,055 C→T A403V (GCG→GTG)  sdaA → L‑serine deaminase I

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,202,0550CT100.0% 267.8 / NA 83A403V (GCG→GTG) sdaAL‑serine deaminase I
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/83);  total (0/83)

AGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCG  >  minE/1202007‑1202068
                                                |             
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATTCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3586995/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTTAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1655381/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3174255/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3467024/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3449829/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3411677/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3381443/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3358864/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3278708/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3263269/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3179105/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3491820/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3132879/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3094672/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3065918/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3054669/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2978056/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:296765/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2877177/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2741779/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1033390/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:514707/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:976719/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:976712/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:824594/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:810089/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:781132/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:776917/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:751684/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:719803/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:608977/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3470194/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:512986/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:444341/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3567652/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3567227/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3556245/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3508343/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3493271/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2713739/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1348734/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1974442/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:186940/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1848628/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1793241/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:176583/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1641407/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1618709/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1439273/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1427800/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:26115/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1338806/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1316370/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1286141/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1235255/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1207973/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1146577/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1108803/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1038093/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2679764/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1995741/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2010726/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2086315/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2123841/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:212696/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2570456/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2493778/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2164938/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:226620/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2234651/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2236086/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTAATTAACGCcgcg  <  1:3420667/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGAGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1537406/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCATAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2475149/62‑1 (MQ=39)
aggTTCAGGTGCCGTGCAATGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3020665/62‑1 (MQ=255)
aggTTCAGGTGCCGGGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:1036067/62‑1 (MQ=255)
 ggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:3621963/61‑1 (MQ=255)
 ggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:519517/61‑1 (MQ=255)
 ggTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:198326/61‑1 (MQ=255)
                  ttGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2581095/44‑1 (MQ=255)
                   tGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2163984/43‑1 (MQ=255)
                     aGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:2380547/41‑1 (MQ=255)
                           aTGCCATTGCCTCTGTGAAGGTGATTAACGCcgcg  <  1:125161/35‑1 (MQ=255)
                                                |             
AGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCG  >  minE/1202007‑1202068

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A