Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I1 R1 58 121.6 3649812 78.1% 2850503 56.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 1,346,682 C→T L59L (CTG→TTG)  yegH → fused predicted membrane proteins

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,346,6820CT100.0% 261.7 / NA 79L59L (CTG→TTG) yegHfused predicted membrane proteins
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/79);  total (0/79)

TGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGT  >  minE/1346636‑1346697
                                              |               
tgcccGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:847218/59‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCTCGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3127001/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCTGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2440744/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3195247/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3641965/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3571114/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3570370/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3474474/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:346499/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:346304/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3413699/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3333749/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:457023/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3184058/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3159800/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3105607/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3035552/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3021736/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2987866/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:627188/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:997844/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:948155/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:908471/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:893642/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:731215/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:719525/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:717519/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:706184/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:389385/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:615470/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:574172/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:552658/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:538322/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:512157/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:508763/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:458068/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3016529/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1625638/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2267755/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2130842/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:29498/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1958503/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1955548/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1876677/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1693837/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1639442/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2115632/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1547268/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1512013/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1473560/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1444876/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1197687/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1160454/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1080717/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:236846/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2945441/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2754322/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2707844/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:265205/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2581921/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2562021/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2499989/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2323521/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2443781/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2419290/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2417510/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2482031/62‑1 (MQ=255)
tGACCGCGCACGGGGTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1007127/62‑1 (MQ=255)
 gACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3091615/61‑1 (MQ=255)
 gACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:299497/61‑1 (MQ=255)
 gACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1345656/61‑1 (MQ=255)
 gACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1379288/61‑1 (MQ=255)
 gACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:3028198/61‑1 (MQ=255)
 gACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:2214001/61‑1 (MQ=255)
 gACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:68494/61‑1 (MQ=255)
 gACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:502144/61‑1 (MQ=255)
 gACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:173526/61‑1 (MQ=255)
 gACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTGCTGGCGt  <  1:1790804/61‑1 (MQ=255)
           gggTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCTTGTTACTTCTGGCGt  <  1:94343/51‑1 (MQ=255)
                                              |               
TGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGT  >  minE/1346636‑1346697

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A