Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A6 F28 I1 R1	58	121.6	3649812	78.1%	2850503	56.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	1,548,353	A→G	V30V (GTA→GTG)	yfdF →	hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,548,353	0	A	G	100.0%	233.8 / NA	60	V30V (GTA→GTG)	yfdF	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (0/60); total (0/60)

TACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTACAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTAAGGAAGG > minE/1548303‑1548388

tACCCATAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:652869/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:974643/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:3062923/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:1025354/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:2654055/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:3488565/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:2588220/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:2388252/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:2354248/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:2214814/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:21967/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:2017060/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:726723/62‑1 (MQ=255)

tACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:966456/62‑1 (MQ=255)

 aCCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:2019133/61‑1 (MQ=255)

 aCCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:2084565/61‑1 (MQ=255)

 aCCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:2362572/61‑1 (MQ=255)

 aCCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:880165/61‑1 (MQ=255)

 aCCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:3531612/61‑1 (MQ=255)

               aaTGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCaa                          <  1:1842499/47‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:381212/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:3196355/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:272477/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:3403242/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:3460752/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:3466213/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:900178/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:346698/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:880857/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:65797/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:749927/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:729312/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:396037/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:726836/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:503438/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:687876/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:2012034/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:103859/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:1080795/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:1128291/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:1195923/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:1296373/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:1714344/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:174888/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:1787281/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:1857450/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:1982369/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:1987377/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:3134137/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:2069961/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:2322296/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:2544620/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:2607485/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:2618892/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:2634450/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:3036954/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:3052319/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:3052501/62‑1 (MQ=255)

                        aaCAATGATGAAGTTAATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:308865/62‑1 (MQ=255)

                                   aGTTTATGGATTAGTGCAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTaaggaagg  <  1:3454639/51‑1 (MQ=255)

TACCCAGAATCCATCAATGAAAATAACAATGATGAAGTTAATGGATTAGTACAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTAAGGAAGG > minE/1548303‑1548388

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A