Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I1 R1 58 121.6 3649812 78.1% 2850503 56.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 2,921,315 G→A G68R (GGA→AGA)  yjgN → conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,921,3150GA100.0% 362.2 / NA 104G68R (GGA→AGA) yjgNconserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (37/67);  total (37/67)

Only 100 of 104 total aligned reads displayed.

AAATGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAA  >  minE/2921258‑2921331
                                                         |                
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACTGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:832390/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:1041203/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:3421670/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:3408531/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:3281593/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:3268631/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:3209274/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:300681/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2895400/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:289311/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2854597/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2803033/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:3433814/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2681548/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2658913/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2624408/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2592952/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2567541/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2550929/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2535766/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2517273/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:520471/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:981646/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:968776/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:964024/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:959988/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:902885/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:902819/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:860856/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:777476/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:744429/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:280145/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:479724/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:442789/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:436548/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:407388/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:3620552/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:3484194/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:3472340/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:3468269/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2451623/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:1083340/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:1126701/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:1154043/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:1247981/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:1349527/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:1530157/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:1717061/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:1856610/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:1858448/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2072985/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2124030/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2165091/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2232587/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2445098/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2443263/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:226520/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2440875/62‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2304166/62‑1 (MQ=255)
 aaTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:834089/61‑1 (MQ=255)
  aTGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:1488988/60‑1 (MQ=255)
      aaGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2891226/56‑1 (MQ=255)
      aaGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              <  1:2125239/56‑1 (MQ=255)
        gCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCg         >  1:1751704/1‑59 (MQ=255)
        gCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGt       >  1:2501922/1‑61 (MQ=255)
        gCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGt       >  1:1350289/1‑61 (MQ=255)
        gCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGt       >  1:1412215/1‑61 (MQ=255)
        gCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGt       >  1:3329139/1‑61 (MQ=255)
        gCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGt       >  1:3300935/1‑61 (MQ=255)
        gCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGt       >  1:2806010/1‑61 (MQ=255)
        gCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGt       >  1:2925934/1‑61 (MQ=255)
        gCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGt       >  1:3174961/1‑61 (MQ=255)
        gCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGt       >  1:1893249/1‑61 (MQ=255)
        gCGTTATCTTTAAGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGt       >  1:493169/1‑61 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAt              >  1:1517090/1‑50 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCg         >  1:1597957/1‑55 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:2024811/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:330407/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:3322464/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:2444706/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:1222593/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:292933/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:1285080/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:294379/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:2945707/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:3082749/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:3095754/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:177231/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:2416708/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:482995/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:2427723/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:181251/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:1599921/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:1622020/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:381063/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:1638242/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:3547103/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:2631057/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAATTACCGGTGGGaa  >  1:3206339/1‑62 (MQ=255)
            tATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATAGAAATACCGGTGGGaa  >  1:2611385/1‑62 (MQ=255)
                                                         |                
AAATGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAA  >  minE/2921258‑2921331

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A