Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F21 I0 R2
|
316 |
65.6 |
5147759 |
97.4% |
5013917 |
60.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,623,810 |
C→T |
46.8% |
A255A (GCC→GCT) |
ydeE → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,623,810 | 0 | C | T | 46.8%
| 7.4
/ 64.3
| 47 | A255A (GCC→GCT) | ydeE | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/12); new base T (6/16); total (19/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.49e-01 |
TGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCCGCGCGCTGA > W3110S.gb/1623743‑1623874
|
tgATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCAtg < 1:5021483/71‑1 (MQ=255)
tgATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCAtg < 1:4059388/71‑1 (MQ=255)
aTGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCAtgg > 1:4177004/1‑70 (MQ=255)
aTGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCAtg > 1:526300/1‑69 (MQ=255)
aTGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCAtg > 1:4884753/1‑69 (MQ=255)
aTGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCAtg > 1:4498185/1‑69 (MQ=255)
aTGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCAtg > 1:2462207/1‑69 (MQ=255)
aTGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCAtg > 1:2701867/1‑69 (MQ=255)
tGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCAtggtg > 1:2279906/1‑71 (MQ=255)
ggTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCTAtggtgg > 1:1497233/1‑71 (MQ=255)
gATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCTATggtggt < 1:4810132/69‑1 (MQ=255)
gATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCTATggtggt < 1:4201329/69‑1 (MQ=255)
aTTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTAc > 1:943617/1‑71 (MQ=255)
aTTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGAGGTAGTTCTTCCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTa < 1:967326/70‑1 (MQ=255)
tGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGt > 1:1687476/1‑71 (MQ=255)
aTGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGc < 1:4880069/69‑1 (MQ=255)
ggATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATAtt < 1:4811705/71‑1 (MQ=255)
aTTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTcc > 1:3504910/1‑71 (MQ=255)
aTTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTcc > 1:1611900/1‑71 (MQ=255)
ttttGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGc < 1:207172/62‑1 (MQ=255)
tttGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCTATggtggt > 1:1640456/1‑53 (MQ=255)
tGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGCAata > 1:4256531/1‑63 (MQ=255)
cGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGc < 1:4548922/56‑1 (MQ=255)
cGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGc < 1:5002324/56‑1 (MQ=255)
cGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTCCCATGGTGGTTACGTTGc < 1:2697939/56‑1 (MQ=255)
gAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAatat < 1:4959995/60‑1 (MQ=255)
aaaGGTGGTCGCGGTTGTTCTTACGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTAc < 1:137739/48‑1 (MQ=255)
aaGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCa < 1:47158/53‑1 (MQ=255)
ggtggtCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGAc < 1:4261385/71‑1 (MQ=255)
ggtggtCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGAc < 1:3297095/71‑1 (MQ=255)
gcgGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAAccc < 1:2279403/71‑1 (MQ=255)
cgGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCg < 1:896016/71‑1 (MQ=255)
tgttCTTCCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGCAATAtt > 1:1681801/1‑44 (MQ=255)
gttCTTCCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGCAATATTc < 1:487545/44‑1 (MQ=255)
gttCTTCCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGCAATATTc < 1:1163590/44‑1 (MQ=255)
gttCTTCCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGCAATATTc < 1:4688025/44‑1 (MQ=255)
gttCTTCCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGCAATATTc < 1:3750624/44‑1 (MQ=255)
gttCTTCCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTa < 1:1683225/70‑1 (MQ=255)
ttcttcCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGgccgcc < 1:343053/54‑1 (MQ=255)
ttcttcCGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTT‑CAATATTCCGTGGgccgcc < 1:276982/53‑1 (MQ=255)
tcttcCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTaa > 1:3652278/1‑60 (MQ=255)
cGGTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCt < 1:385014/62‑1 (MQ=255)
gTGAATGCTGCTATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGgccgcc < 1:3263472/46‑1 (MQ=255)
gTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCcgcgc > 1:4600634/1‑71 (MQ=255)
tgctgcTATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCt < 1:4453029/55‑1 (MQ=255)
tgctgcCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCCGCGCGCtga > 1:1385214/1‑71 (MQ=255)
ctgcTATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTaa > 1:4750636/1‑55 (MQ=255)
|
TGATGGTGATTGCTGATGGGGATTTTGCCGAAAAGGTGGTCGCGGTTGTTCTTCCGGTGAATGCTGCCATGGTGGTTACGTTGCAATATTCCGTGGGCCGCCGACTTAACCCGGCTAACATCCGCGCGCTGA > W3110S.gb/1623743‑1623874
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
