Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R2
|
370 |
72.1 |
3738297 |
91.5% |
3420541 |
62.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
865,062 |
C→T |
22.7% |
P455S (CCT→TCT) |
yciQ → |
predicted inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 865,062 | 0 | C | T | 22.7%
| 128.2
/ 35.9
| 66 | P455S (CCT→TCT) | yciQ | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/34); new base T (9/6); total (26/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.77e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 |
ATCTGCTGGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTGGCCTTCTATT > minE/864996‑865128
|
aTCTGCTGGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCtt < 1:3445717/70‑1 (MQ=255)
ctgGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTg < 1:2400730/66‑1 (MQ=255)
ctgGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTg < 1:531655/66‑1 (MQ=255)
ctgGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGc < 1:614986/67‑1 (MQ=255)
ctgGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTa < 1:516027/71‑1 (MQ=255)
ctgGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTa < 1:420915/71‑1 (MQ=255)
tgGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTa > 1:698484/1‑70 (MQ=255)
gATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGTTGATGACAAGCCTTGCGTTAATc > 1:3307185/1‑71 (MQ=255)
gATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTaa < 1:158584/69‑1 (MQ=255)
gATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATc < 1:908781/71‑1 (MQ=255)
gATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGATTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTaa < 1:1201411/69‑1 (MQ=255)
ttattCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCgt < 1:1481189/71‑1 (MQ=255)
tattCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCgtg > 1:261449/1‑71 (MQ=255)
tattCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCgtg > 1:1767944/1‑71 (MQ=255)
ttCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCgtgt < 1:263591/70‑1 (MQ=255)
ttCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCgtgt < 1:655946/70‑1 (MQ=255)
tCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTa > 1:3039278/1‑70 (MQ=255)
ccTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTaa < 1:1005486/70‑1 (MQ=255)
tttttATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTTCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAatcat > 1:2816844/1‑71 (MQ=255)
ttttATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGc > 1:10218/1‑48 (MQ=255)
ttttATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGc > 1:3178345/1‑48 (MQ=255)
ttttATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGc > 1:3138872/1‑48 (MQ=255)
ttttATTTTGTTCCCTTGAGCTTTCGTTTGCCCGCGATGATGACAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAatcat < 1:1574936/70‑1 (MQ=255)
ttttGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACttt < 1:1798601/71‑1 (MQ=255)
ttGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGt > 1:783496/1‑71 (MQ=255)
ttGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGt > 1:1161458/1‑71 (MQ=255)
gTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGtt < 1:820871/70‑1 (MQ=255)
ttCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGc > 1:813181/1‑43 (MQ=255)
ttCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGc > 1:2560146/1‑43 (MQ=255)
ttCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGc > 1:3453383/1‑43 (MQ=255)
ttCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTa < 1:751303/47‑1 (MQ=255)
ttCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTa < 1:2407599/47‑1 (MQ=255)
ttGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACttt < 1:860675/61‑1 (MQ=255)
gAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCa < 1:2357408/69‑1 (MQ=255)
ttgtttgCCCGCGATGATGACAAGTCTTGCGTTAATCGTGTaa < 1:2570105/43‑1 (MQ=255)
ttgtttgCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAatcat > 1:1823394/1‑47 (MQ=255)
ttgtttgCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGAtt < 1:1003760/69‑1 (MQ=255)
ttgtttgCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGAtt < 1:2353163/69‑1 (MQ=255)
gtttgCCCGCGATGATGACAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTg > 1:1326860/1‑52 (MQ=255)
gtttgCCCGCGATGATGACAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTg > 1:152891/1‑52 (MQ=255)
gtttgCCCGCGATGATGACAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTg > 1:3713407/1‑52 (MQ=255)
gtttgCCCGCGATGATGACAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTg < 1:1745763/52‑1 (MQ=255)
gtttgCCCGCGATGATGACAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTg < 1:337498/52‑1 (MQ=255)
tgCCCGCGATGATGACAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGttttt > 1:1294458/1‑54 (MQ=255)
tgCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAg > 1:751482/1‑71 (MQ=255)
gCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACt < 1:2708035/59‑1 (MQ=255)
gCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACt < 1:1982638/59‑1 (MQ=255)
gCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACt < 1:146015/59‑1 (MQ=255)
gCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACt < 1:245042/59‑1 (MQ=255)
gCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACt < 1:1529958/59‑1 (MQ=255)
gCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACt < 1:3015157/59‑1 (MQ=255)
gCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACt < 1:1466371/59‑1 (MQ=255)
cgcgATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGt > 1:1453882/1‑71 (MQ=255)
cgcgATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGt > 1:2391863/1‑71 (MQ=255)
gcgATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTg < 1:2325352/71‑1 (MQ=255)
cgATGATGACAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTgg > 1:1155060/1‑71 (MQ=255)
cgATGATGACAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTgg > 1:2196960/1‑71 (MQ=255)
cgATGATGACAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTgg > 1:2027658/1‑71 (MQ=255)
cgATGATGACAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTgg > 1:2478707/1‑71 (MQ=255)
cgATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTgg > 1:63104/1‑71 (MQ=255)
atgaCAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGtttt < 1:2084675/42‑1 (MQ=255)
atgaCAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGt < 1:559303/56‑1 (MQ=255)
atgaCAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGtt < 1:2740775/57‑1 (MQ=255)
atgaCAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTGGCCTTc < 1:3585579/71‑1 (MQ=255)
atgaCAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTGGCCTTc < 1:2490819/71‑1 (MQ=255)
atgaCAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTGGCCTTc < 1:2763781/71‑1 (MQ=255)
gaCAAGTCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCAc > 1:557264/1‑46 (MQ=255)
cAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTGGCCTTCTAtt > 1:2244528/1‑71 (MQ=255)
aGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACt < 1:479164/43‑1 (MQ=255)
|
ATCTGCTGGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTGGCCTTCTATT > minE/864996‑865128
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
