Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F1 I0 R2
|
201 |
99.6 |
7939938 |
96.9% |
7693799 |
60.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,303,631 |
C→T |
100% |
Q246Y (CAG→TAT) |
oppA → |
oligopeptide transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,303,631 | 0 | C | T | 100.0%
| 307.5
/ NA
| 102 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (47/55); total (47/55) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAA > W3110S.gb/1303567‑1303694
|
aaaCGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:6195521/1‑71 (MQ=255)
aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:1828394/1‑70 (MQ=255)
aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:7874970/1‑70 (MQ=255)
aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:1030551/1‑71 (MQ=255)
acgaacgaATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAcc > 1:3586643/1‑71 (MQ=255)
gaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:148340/71‑1 (MQ=255)
acgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt < 1:1003866/71‑1 (MQ=255)
cgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt > 1:874752/1‑71 (MQ=255)
aaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc > 1:6882252/1‑71 (MQ=255)
cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:7746850/1‑71 (MQ=255)
ttCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:1931629/56‑1 (MQ=255)
ttCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:4328418/56‑1 (MQ=255)
tGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTGTTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt > 1:7247196/1‑71 (MQ=255)
tGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCt > 1:1533148/1‑70 (MQ=255)
gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:3490298/70‑1 (MQ=255)
gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:526696/70‑1 (MQ=255)
gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:7640471/70‑1 (MQ=255)
gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc > 1:4941008/1‑71 (MQ=255)
aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc < 1:5499380/70‑1 (MQ=255)
aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt < 1:3583894/71‑1 (MQ=255)
aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:5238199/71‑1 (MQ=255)
aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:771089/71‑1 (MQ=255)
cGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:6584512/1‑61 (MQ=255)
ggccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt < 1:3702337/57‑1 (MQ=255)
gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:61526/1‑55 (MQ=255)
gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:173976/1‑55 (MQ=255)
gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:6492319/71‑1 (MQ=255)
gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:5769593/71‑1 (MQ=255)
cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt < 1:4084973/58‑1 (MQ=255)
cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt < 1:1597132/58‑1 (MQ=255)
cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:2386806/62‑1 (MQ=255)
cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:4113429/62‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc > 1:2525858/1‑71 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc > 1:5411760/1‑71 (MQ=255)
aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:4796544/50‑1 (MQ=255)
aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2932503/50‑1 (MQ=255)
aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:6822451/50‑1 (MQ=255)
aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa < 1:5128951/71‑1 (MQ=255)
aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa > 1:3288812/1‑71 (MQ=255)
cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt > 1:1082757/1‑41 (MQ=38)
cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt > 1:3776478/1‑41 (MQ=38)
cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt > 1:4381486/1‑41 (MQ=38)
cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATg < 1:594982/71‑1 (MQ=255)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:3873843/1‑48 (MQ=39)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:6343223/1‑48 (MQ=39)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:2375103/1‑48 (MQ=39)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:1203823/57‑1 (MQ=255)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:5474390/57‑1 (MQ=255)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:7874505/57‑1 (MQ=255)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:4114672/57‑1 (MQ=255)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:1774066/57‑1 (MQ=255)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:552383/58‑1 (MQ=255)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:3249279/58‑1 (MQ=255)
cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc > 1:3739427/1‑54 (MQ=255)
cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc > 1:3683007/1‑54 (MQ=255)
cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc > 1:225019/1‑70 (MQ=255)
cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:4761056/71‑1 (MQ=255)
tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:4504777/1‑57 (MQ=255)
gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAcc > 1:7125889/1‑71 (MQ=255)
cgcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTAcc > 1:3845894/1‑71 (MQ=255)
gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:7609038/1‑71 (MQ=255)
gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:349233/1‑71 (MQ=255)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc < 1:2230290/52‑1 (MQ=255)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc < 1:5181184/52‑1 (MQ=255)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc < 1:1059628/52‑1 (MQ=255)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc < 1:6331531/52‑1 (MQ=255)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc < 1:5972263/52‑1 (MQ=255)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:818244/1‑70 (MQ=255)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:3461634/71‑1 (MQ=255)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:6153818/71‑1 (MQ=255)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:1695926/71‑1 (MQ=255)
gAAAACCGTTGTTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTAcc > 1:7144315/1‑68 (MQ=255)
gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:330742/48‑1 (MQ=39)
gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:2072141/48‑1 (MQ=39)
gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:6839086/48‑1 (MQ=39)
gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:2818101/1‑69 (MQ=255)
gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:7616828/70‑1 (MQ=255)
gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTCCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:515108/48‑1 (MQ=38)
gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATATGCCTATTGCTTCTGAAGTTAca > 1:2034742/1‑51 (MQ=255)
aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa < 1:2803884/49‑1 (MQ=39)
aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAg < 1:6272083/71‑1 (MQ=255)
aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:1263226/1‑48 (MQ=39)
aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:5120707/1‑48 (MQ=39)
aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:63058/1‑48 (MQ=39)
aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:3380928/1‑48 (MQ=39)
aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:4579021/1‑48 (MQ=39)
aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAg < 1:1970888/70‑1 (MQ=255)
aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg > 1:5594691/1‑71 (MQ=255)
aCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt > 1:536663/1‑51 (MQ=255)
aCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg < 1:7159683/70‑1 (MQ=255)
ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTTGTGaa < 1:4764311/71‑1 (MQ=255)
ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaa < 1:7357493/71‑1 (MQ=255)
ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaa < 1:3080482/71‑1 (MQ=255)
attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:3768531/1‑36 (MQ=37)
attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:1909642/1‑36 (MQ=37)
attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:2317717/35‑1 (MQ=37)
attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaaa < 1:941356/70‑1 (MQ=255)
attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaaa < 1:1738941/70‑1 (MQ=255)
attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaaa < 1:6606726/70‑1 (MQ=255)
taACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACAGATGTCAACCGCTACCGTAg > 1:4613232/1‑60 (MQ=255)
|
AAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAA > W3110S.gb/1303567‑1303694
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
