Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I0 R1
|
2892 |
75.3 |
5698161 |
66.1% |
3766484 |
59.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
385,087 |
A→T |
24.1% |
A99A (GCA→GCT) |
cstA → |
carbon starvation protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 385,087 | 0 | A | T | 24.1%
| 110.8
/ 32.6
| 58 | A99A (GCA→GCT) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/26); new base T (5/9); total (23/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCT > minE/385018‑385156
|
cgGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAGGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAg < 1:744356/71‑1 (MQ=255)
cgGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAg < 1:5272378/71‑1 (MQ=255)
cgGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAg < 1:5164516/71‑1 (MQ=255)
gggCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAgg < 1:19354/71‑1 (MQ=255)
gggCTGGACTATGTGCAGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAgg < 1:2840582/71‑1 (MQ=255)
cTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTcc < 1:3776807/71‑1 (MQ=255)
aCTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCtg < 1:3968233/71‑1 (MQ=255)
tATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCtggt > 1:1513531/1‑71 (MQ=255)
tgtgCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCtggtg < 1:2850864/70‑1 (MQ=255)
ccGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGcc > 1:489017/1‑71 (MQ=255)
cGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCg > 1:4572003/1‑71 (MQ=255)
gACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCgg < 1:554019/71‑1 (MQ=255)
gACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCgg < 1:1661392/71‑1 (MQ=255)
ctgACAAGAAAGTGCTGTTCGGGCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGGCCGCTGGTGGGGcc < 1:3712220/65‑1 (MQ=255)
ggACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCtg > 1:2584290/1‑58 (MQ=255)
ggACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTAc > 1:1046367/1‑71 (MQ=255)
cAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTgg < 1:2712877/71‑1 (MQ=255)
aaGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTggc > 1:3787673/1‑71 (MQ=255)
gtgtTGTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCtggt < 1:1850922/50‑1 (MQ=255)
gtgtTGTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCtggt < 1:2651637/50‑1 (MQ=255)
gTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCa < 1:1296041/71‑1 (MQ=255)
gTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCa < 1:1289279/71‑1 (MQ=255)
tGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCg < 1:33002/44‑1 (MQ=255)
tGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCg < 1:4700197/44‑1 (MQ=255)
gttGTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCgccgcg < 1:1649463/65‑1 (MQ=255)
ttGTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCtggt > 1:2677279/2‑47 (MQ=255)
ttGTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCtggt > 1:4289989/2‑47 (MQ=255)
cTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAAt > 1:868934/1‑71 (MQ=255)
tGTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCa > 1:3884430/1‑67 (MQ=255)
tGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAAt < 1:5489501/70‑1 (MQ=255)
gTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATg < 1:5279289/70‑1 (MQ=255)
gTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATg < 1:5612341/70‑1 (MQ=255)
ttggTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGc > 1:230749/3‑71 (MQ=255)
cGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGc > 1:2273881/1‑70 (MQ=255)
ggTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCt < 1:1631204/70‑1 (MQ=255)
gTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGc > 1:204562/1‑68 (MQ=255)
cACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGt < 1:625748/47‑1 (MQ=255)
cACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGt < 1:1850941/47‑1 (MQ=255)
aCCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTg > 1:4949266/1‑71 (MQ=255)
aCCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCt < 1:3629173/70‑1 (MQ=255)
ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCt < 1:273080/65‑1 (MQ=255)
ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCt < 1:4808523/65‑1 (MQ=255)
ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGc > 1:3509648/1‑71 (MQ=255)
ttttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCt < 1:647690/62‑1 (MQ=255)
ttttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCgg > 1:373704/1‑71 (MQ=255)
ttttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCgg > 1:5385301/1‑71 (MQ=255)
ttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCggg > 1:283420/1‑70 (MQ=255)
ttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCggg > 1:2082745/1‑70 (MQ=255)
ccATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATc > 1:724685/1‑71 (MQ=255)
cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACt < 1:4810106/36‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACt < 1:1446467/35‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACt < 1:3462893/35‑1 (MQ=255)
gCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTa > 1:2431413/1‑50 (MQ=255)
ccGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgctg < 1:3752196/71‑1 (MQ=255)
cGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGTGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGgctgc < 1:2802760/71‑1 (MQ=255)
gCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatgat > 1:2519884/1‑59 (MQ=255)
gCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatgat > 1:3264642/1‑59 (MQ=255)
cAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCt < 1:1548247/71‑1 (MQ=255)
|
CGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCT > minE/385018‑385156
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
