Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I0 R1
|
2892 |
75.3 |
5698161 |
66.1% |
3766484 |
59.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
474,207 |
G→A |
28.9% |
G590D (GGT→GAT) ‡ |
mngA → |
fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzyme IIABC components |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 474,207 | 0 | G | A | 28.9%
| 60.6
/ 27.9
| 45 | G590D (GGT→GAT) ‡ | mngA | fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzyme IIABC components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/17); new base A (5/8); total (20/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.45e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.32e-01 |
TGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATA > minE/474142‑474272
|
tggagaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGa > 1:5010402‑M2/58‑71 (MQ=255)
tggagaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacacgTATTGTCCATGCGa > 1:5244862‑M2/58‑71 (MQ=255)
gagaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATg < 1:2711398‑M2/16‑1 (MQ=255)
agaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGa < 1:4804581‑M2/17‑1 (MQ=255)
aTCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg < 1:3479988/68‑1 (MQ=255)
aTCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg < 1:4999640/68‑1 (MQ=255)
cctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGaataa < 1:5249368‑M2/21‑2 (MQ=255)
cGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGc < 1:3902465/61‑1 (MQ=255)
cGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGaa > 1:1811927/1‑67 (MQ=255)
tcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGAata < 1:4058703‑M2/20‑1 (MQ=255)
tcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGAata < 1:4495907‑M2/20‑1 (MQ=255)
gCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCg > 1:4838684/1‑71 (MQ=255)
caaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGAtgaataaag > 1:1817938‑M2/48‑67 (MQ=255)
caaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGAtgaataaag > 1:5173619‑M2/48‑67 (MQ=255)
tGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGc > 1:2283071/1‑71 (MQ=255)
tGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGc > 1:4553648/1‑71 (MQ=255)
cGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg < 1:3056980/60‑1 (MQ=255)
cGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCt < 1:3636949/71‑1 (MQ=255)
gggTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCtt < 1:1056983/71‑1 (MQ=255)
aTTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGAt < 1:718183/53‑1 (MQ=255)
aTTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg < 1:5686770/54‑1 (MQ=255)
aTTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGa > 1:805820/1‑70 (MQ=255)
aTTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGa > 1:2590541/1‑70 (MQ=255)
tGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGaa > 1:3000797/1‑54 (MQ=255)
gctCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCtt < 1:5097813/60‑1 (MQ=255)
gTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACAccc < 1:4697719/71‑1 (MQ=255)
ttCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGaa < 1:3272099/51‑1 (MQ=255)
ttCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCg > 1:4403394/1‑71 (MQ=255)
ttCGTTTGTGCTGGGCTCTATGCTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGAt < 1:1275760/48‑1 (MQ=255)
tgtgCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg > 1:750622/1‑43 (MQ=255)
tgtgCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCt > 1:4935542/1‑54 (MQ=255)
tgtgCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCg > 1:1625234/1‑71 (MQ=255)
atcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGAt < 1:2512573‑M2/15‑1 (MQ=255)
atcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGAt < 1:4546693‑M2/15‑1 (MQ=255)
tGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCAtt > 1:2011160/1‑71 (MQ=255)
taagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGAata < 1:291866‑M2/20‑1 (MQ=255)
ggCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGAGGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCAttt < 1:470756/70‑1 (MQ=255)
gttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGAat > 1:784481‑M2/18‑36 (MQ=255)
aTGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGct > 1:2208112/1‑71 (MQ=255)
aTGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGc > 1:1992889/1‑70 (MQ=255)
aCGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCtttt < 1:3490345/70‑1 (MQ=255)
tATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCAttt < 1:1398674/50‑1 (MQ=255)
aTTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGct < 1:3147454/56‑1 (MQ=255)
tGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGAt > 1:1091254/1‑70 (MQ=255)
gTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATa < 1:194585/70‑1 (MQ=255)
|
TGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATA > minE/474142‑474272
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
