Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I0 R1
|
2892 |
75.3 |
5698161 |
66.1% |
3766484 |
59.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
834,665 |
T→A |
23.0% |
G1041G (GGT→GGA) |
narG → |
nitrate reductase 1, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 834,665 | 0 | T | A | 23.0%
| 220.5
/ 67.0
| 117 | G1041G (GGT→GGA) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/54); new base A (16/11); total (52/65) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.78e-01 |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
GAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCG > minE/834597‑834730
|
gAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcg > 1:1469327/1‑71 (MQ=255)
aaCACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:2843237/71‑1 (MQ=255)
acGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAg > 1:1235246/1‑71 (MQ=255)
acGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAg < 1:266260/71‑1 (MQ=255)
acGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAg > 1:5009384/1‑71 (MQ=255)
cGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAg > 1:1435995/1‑70 (MQ=255)
cGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGc < 1:2199704/71‑1 (MQ=255)
ttCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGc > 1:814090/1‑68 (MQ=255)
ttCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGc > 1:2621404/1‑68 (MQ=255)
ttCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGc > 1:4392780/1‑68 (MQ=255)
cTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgt > 1:2537173/1‑59 (MQ=255)
cTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgt > 1:3420004/1‑59 (MQ=255)
ataaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTAt > 1:924770/3‑71 (MQ=255)
cAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATc < 1:3411846/71‑1 (MQ=255)
aaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTAt > 1:3529316/1‑69 (MQ=255)
aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTAt > 1:3079501/1‑69 (MQ=255)
aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:5049300/71‑1 (MQ=255)
aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:1352667/71‑1 (MQ=255)
aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:3459054/71‑1 (MQ=255)
aCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:5645872/70‑1 (MQ=255)
gCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGa < 1:4554497/71‑1 (MQ=255)
cGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:1855271/71‑1 (MQ=255)
ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAg < 1:2815240/64‑1 (MQ=255)
ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:3237351/71‑1 (MQ=255)
ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:1293817/71‑1 (MQ=255)
atACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCatc > 1:3748264/2‑69 (MQ=255)
tACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGa < 1:4099391/65‑1 (MQ=255)
tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:3780668/1‑69 (MQ=255)
tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:3263366/1‑69 (MQ=255)
tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:2056047/1‑69 (MQ=255)
tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:906431/1‑69 (MQ=255)
acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:1594438/1‑71 (MQ=255)
acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:3413186/1‑71 (MQ=255)
acacAAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:2207608/1‑71 (MQ=255)
acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAg < 1:5362383/60‑1 (MQ=255)
acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg > 1:5194684/1‑71 (MQ=255)
acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg < 1:1309397/71‑1 (MQ=255)
acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:2697382/45‑1 (MQ=255)
ccAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg < 1:3916310/70‑1 (MQ=255)
cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTgg > 1:4225396/1‑70 (MQ=255)
cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTgg > 1:1090091/1‑70 (MQ=255)
cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:1345052/1‑71 (MQ=255)
cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:2432151/1‑71 (MQ=255)
aCGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg > 1:4638739/1‑67 (MQ=255)
aCGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg > 1:4478099/1‑67 (MQ=255)
aCGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg > 1:2991026/1‑67 (MQ=255)
aCGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGTAACTGTATCAGGATCACCAg < 1:325491/65‑1 (MQ=255)
aCGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGTAACTGTATCAGGATCACCAg < 1:872409/65‑1 (MQ=255)
aCGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGAt > 1:3082494/1‑70 (MQ=255)
cGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGc < 1:3842395/71‑1 (MQ=255)
ttCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGt > 1:1960647/1‑71 (MQ=255)
ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:2628966/52‑1 (MQ=255)
ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:3479341/52‑1 (MQ=255)
ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGAt < 1:1430241/56‑1 (MQ=255)
ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:1613692/64‑1 (MQ=255)
tCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTg > 1:3554688/1‑71 (MQ=255)
cACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:2031250/36‑1 (MQ=255)
cACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCa > 1:4803355/1‑59 (MQ=255)
gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:2426852/1‑71 (MQ=255)
gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt < 1:4714232/71‑1 (MQ=255)
cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGa < 1:4053997/47‑1 (MQ=255)
cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGa < 1:1846671/47‑1 (MQ=255)
cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGa < 1:2412288/47‑1 (MQ=255)
cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGAATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCgg < 1:5682121/71‑1 (MQ=255)
tGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTg < 1:2084201/38‑1 (MQ=255)
tGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTg < 1:538502/38‑1 (MQ=255)
tGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTg < 1:2223350/38‑1 (MQ=255)
tGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTg < 1:4889442/38‑1 (MQ=255)
aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:5120110/46‑1 (MQ=255)
aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:4344398/46‑1 (MQ=255)
aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:4389639/46‑1 (MQ=255)
aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:3230051/71‑1 (MQ=255)
tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:943826/45‑1 (MQ=255)
cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc > 1:581817/1‑47 (MQ=255)
cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc > 1:5323161/1‑47 (MQ=255)
cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTg > 1:5589866/1‑68 (MQ=255)
cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:1361191/1‑69 (MQ=255)
cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTCATTTCGGTGa > 1:4694891/1‑69 (MQ=255)
ccgtGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGaaa < 1:5323375/67‑1 (MQ=255)
ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa < 1:275250/70‑1 (MQ=255)
ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa < 1:212152/70‑1 (MQ=255)
cATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAg < 1:1793873/38‑1 (MQ=255)
aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATc < 1:2890176/35‑1 (MQ=255)
tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:701343/71‑1 (MQ=255)
tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:1639736/71‑1 (MQ=255)
tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGAGGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:1222393/71‑1 (MQ=255)
gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:3485840/71‑1 (MQ=255)
gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:4569211/71‑1 (MQ=255)
cGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgct > 1:802042/1‑71 (MQ=255)
cGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgct > 1:3832964/1‑71 (MQ=255)
gTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCa > 1:1814474/1‑40 (MQ=255)
tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:5384262/37‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:4558929/37‑1 (MQ=255)
tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:424938/37‑1 (MQ=255)
cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGt < 1:5029826/70‑1 (MQ=255)
gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGc > 1:274199/1‑61 (MQ=255)
gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGc > 1:1064415/1‑61 (MQ=255)
tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCg > 1:4249911/1‑71 (MQ=255)
ggTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTg < 1:407910/49‑1 (MQ=255)
ggTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTg < 1:5370868/49‑1 (MQ=255)
|
GAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCG > minE/834597‑834730
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
