Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I0 R1
|
2892 |
75.3 |
5698161 |
66.1% |
3766484 |
59.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
836,350 |
G→T |
36.7% |
V356V (GTG→GTT) |
narH → |
nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 836,350 | 0 | G | T | 36.7%
| 60.4
/ 40.0
| 49 | V356V (GTG→GTT) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/13); new base T (16/2); total (34/15) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGC > minE/836282‑836414
|
gcgatggactggaAACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcc < 1:5669701/68‑1 (MQ=255)
gcgatggactggaAACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcc < 1:5044755/68‑1 (MQ=255)
gcgatggactggaAACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcc < 1:3009233/68‑1 (MQ=255)
atggactggaAACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcctcc > 1:5123859/1‑71 (MQ=255)
atggactggaAACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcctcc > 1:279153/1‑71 (MQ=255)
tggactggaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcctccg > 1:3783667/1‑70 (MQ=255)
tggactggaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcctccg < 1:3273596/71‑2 (MQ=255)
ggactggaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcctccgc > 1:4979004/1‑69 (MQ=255)
ggaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCct > 1:5205541/1‑70 (MQ=255)
gaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCctct < 1:4974303/71‑1 (MQ=255)
gaatggaaACTGGCGCTGCCGATGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCctct < 1:4317579/71‑1 (MQ=255)
actggaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcctccg < 1:4182559/66‑2 (MQ=255)
actggaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcctccg < 1:3774462/66‑2 (MQ=255)
gaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACTCTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGtctc > 1:898755/1‑71 (MQ=255)
gaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGtctc > 1:1106516/1‑71 (MQ=255)
aaCTGGCGCTGCCGCTGCAT‑CGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGa > 1:1745074/1‑71 (MQ=255)
aCTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGa > 1:3532809/1‑71 (MQ=255)
aCTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGa > 1:2629192/1‑71 (MQ=255)
cTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGAt > 1:3961595/1‑71 (MQ=255)
gcgcTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTc < 1:3956426/70‑1 (MQ=255)
ctgccgctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTc < 1:1295124/71‑1 (MQ=255)
ctgccgctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTc < 1:798081/71‑1 (MQ=255)
ctaccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTc < 1:3645200/68‑1 (MQ=255)
accgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTcc > 1:5270579/2‑69 (MQ=255)
accgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTcc > 1:3151648/2‑69 (MQ=255)
ccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTccta > 1:1899481/1‑68 (MQ=255)
ccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTccta > 1:1586877/1‑68 (MQ=255)
gctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcag > 1:5023683/1‑71 (MQ=255)
gcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcag > 1:2268040/1‑68 (MQ=255)
gcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcag > 1:5697420/1‑68 (MQ=255)
aTCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAc < 1:1530561/71‑1 (MQ=255)
ccGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc > 1:4999635/1‑71 (MQ=255)
ccGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc > 1:5116879/1‑71 (MQ=255)
cGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgcg > 1:4769901/1‑71 (MQ=255)
gAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcg > 1:1221790/1‑67 (MQ=255)
gAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcg > 1:1222459/1‑67 (MQ=255)
gAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTCCTACGCAGATGCggg > 1:3054384/1‑71 (MQ=255)
tatCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCctc < 1:4178565/37‑1 (MQ=255)
gCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCt < 1:2644087/70‑1 (MQ=255)
gCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCt > 1:4586144/1‑70 (MQ=255)
gCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTg > 1:4592256/1‑71 (MQ=255)
cccTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGAtt < 1:21667/39‑1 (MQ=19)
cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:1628605/1‑41 (MQ=255)
cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:2470089/1‑41 (MQ=255)
cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:3991079/1‑41 (MQ=255)
cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:1838256/1‑41 (MQ=255)
cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:641615/1‑41 (MQ=255)
cTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc < 1:1046456/56‑1 (MQ=255)
tGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGt > 1:1442418/1‑42 (MQ=255)
tGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTc > 1:3977702/1‑43 (MQ=255)
tGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTc > 1:3143858/1‑43 (MQ=255)
gCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCa > 1:3657054/1‑39 (MQ=25)
ccGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCaa > 1:592186/1‑71 (MQ=255)
gTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCgg < 1:3494288/49‑1 (MQ=255)
tGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCt > 1:1209312/1‑71 (MQ=255)
tGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCt > 1:3697889/1‑71 (MQ=255)
gTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGc < 1:1394618/71‑1 (MQ=255)
cGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCa < 1:1512568/62‑1 (MQ=255)
tGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAc < 1:40820/35‑1 (MQ=255)
|
GCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGC > minE/836282‑836414
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
