Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 305,543 T→G M167L (ATG→CTG)  yagW ← predicted receptor

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb305,5430TG100.0% 284.6 / NA 99M167L (ATG→CTG) yagWpredicted receptor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (99/0);  total (99/0)

AGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCATATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGCA  >  W3110S.gb/305516‑305578
                           |                                   
aGCTGCTGCCGATGTGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:949924/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACTTGCCGTGc   >  1:574774/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTg    >  1:643728/1‑61 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTg    >  1:1302636/1‑61 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTg    >  1:513627/1‑61 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:526251/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:640130/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:627289/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:620929/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:599993/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:596719/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:573652/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:570553/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:569982/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:566080/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:70687/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:522840/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:451909/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:444615/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:442404/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:431926/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:421209/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:403747/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:38605/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:380912/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:372503/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:842726/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:96980/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:963703/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:918306/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:917524/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:915536/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:905196/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:899536/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:896712/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:876615/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:861998/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:860056/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:673048/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:79779/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:777269/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:771827/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:765721/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:765121/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:764866/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:756310/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:756171/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:755864/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:358460/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1193883/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1356673/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1049032/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1336753/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:133348/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1326159/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1324724/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1281872/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1257587/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1236565/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1221899/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1217694/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1354750/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1180351/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1174122/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:11736/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1169460/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1135824/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1103122/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1099041/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1089049/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1074142/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1063201/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1372668/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:351427/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:324628/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:31586/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:311559/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:299434/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:279077/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:27419/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:272438/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:260987/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:236523/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:152871/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1449232/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1448452/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1441077/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1438985/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1436835/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1422778/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1401617/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1384066/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:137887/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1374886/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1368304/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGAAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:836697/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGAAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:838494/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTT‑CAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGCa  >  1:1131489/1‑62 (MQ=255)
aGCTGCTGCAGACGGGCATTTGTTGCAGATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGc   >  1:1158004/1‑62 (MQ=255)
                           |                                   
AGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCATATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGCA  >  W3110S.gb/305516‑305578

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A