Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 475,368 A→G P76P (CCT→CCC)  ybaZ ← predicted methyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb475,3680AG100.0% 260.8 / NA 91P76P (CCT→CCC) ybaZpredicted methyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (91/0);  total (91/0)

CCCGGTGCCAGGGTAAGGTGCTGCCTTCAGGGAGACGCTTTAACACACCGCCCACCTGGCGCG  >  W3110S.gb/475340‑475402
                            |                                  
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGAGGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:508341/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTa                       >  1:724688/1‑42 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACAGACCGCCTACCTGgcgc   >  1:188824/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTTCCTGgcgc   >  1:719258/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTAcc         >  1:231757/1‑56 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTg       >  1:408977/1‑58 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGtcgc   >  1:1414974/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:698691/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1003439/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:65292/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:647019/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:632454/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:623430/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:57502/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:566914/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:557703/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:555500/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:51294/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:511752/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:51100/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:471078/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:462137/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:455589/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:443672/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:885627/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:988732/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:984528/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:972443/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:969253/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:960454/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:95107/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:942864/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:938126/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:916349/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:91558/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:712082/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:872456/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:855652/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:833229/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:830250/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:776125/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:73873/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:723098/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:71561/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:71219/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1299177/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1445338/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1444275/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:141350/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1390565/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1374111/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1360921/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1357781/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1334090/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1317693/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1447063/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1121709/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1133078/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1255241/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1240370/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1239921/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1207192/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1203120/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1155540/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1175774/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:292703/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:422351/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:415746/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:381520/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:361634/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:361212/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:328921/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:321479/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:312059/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1107865/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:289288/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:223743/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:197605/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:17656/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:173904/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:156706/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1463592/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcgc   >  1:1118576/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcg    >  1:1090672/1‑61 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcg    >  1:1177995/1‑61 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcg    >  1:83957/1‑61 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcg    >  1:83608/1‑61 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcg    >  1:686133/1‑61 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACCGCCTACCTGgcg    >  1:519459/1‑61 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAACACACAGCCTACCTGgcgc   >  1:449962/1‑62 (MQ=255)
cccGGTGCCATGGCAAGGTGCTGCCTTCGGGGAGACGCTTTAA‑ACACCGCCTACCTGgcgcg  >  1:936006/1‑62 (MQ=255)
                            |                                  
CCCGGTGCCAGGGTAAGGTGCTGCCTTCAGGGAGACGCTTTAACACACCGCCCACCTGGCGCG  >  W3110S.gb/475340‑475402

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A