Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 477,435 T→C N136S (AAC→AGC)  ylaB ← conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb477,4350TC100.0% 371.0 / NA 130N136S (AAC→AGC) ylaBconserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (130/0);  total (130/0)

Only 100 of 130 total aligned reads displayed.

GCCTAAATCGTTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCT  >  W3110S.gb/477425‑477486
          |                                                   
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCTAAATTTTACCTGGCt  >  1:799012/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCTAAATTTTACCTGGCt  >  1:860876/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:492871/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:639107/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:638467/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:613186/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:609505/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:599711/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:58961/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:556962/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:527915/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:515784/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:513455/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:500880/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:674350/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:492313/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:491989/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:48893/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:48367/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:464570/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:460353/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:456199/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:447906/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:433660/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:429892/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:423377/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:860639/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:985835/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:975606/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:963063/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:942686/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:927035/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:924809/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:910121/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:907627/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:902340/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:880056/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:876946/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:662619/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:852431/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:817753/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:768839/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:752684/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:745618/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:734453/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:726508/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:724213/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:693512/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:684439/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:408177/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1172239/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1292562/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1274522/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1271399/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1253197/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1246695/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1244301/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:121077/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1209409/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1198179/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1189989/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1177782/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1176043/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1336485/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1167107/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:114703/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1115969/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1103522/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1098866/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1078327/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:107109/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1054786/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1039604/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1033187/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:10326/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:265498/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:390309/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:38599/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:380501/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:367532/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:365574/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:359851/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:339998/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:338499/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:318853/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:310321/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:273338/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:265533/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1012259/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:2491/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:244438/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:215513/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:183237/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1460480/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1451880/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1444405/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1427005/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1422102/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1351274/1‑62 (MQ=255)
gCCTAAATCGCTATGCGATGTTAACAAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCt  >  1:1455262/1‑62 (MQ=255)
          |                                                   
GCCTAAATCGTTATGCGATGTTAACCAGACACGATAACCATCTTTCGAAATTTTACCTGGCT  >  W3110S.gb/477425‑477486

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A