Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 489,632 C→T R135R (CGG→CGA)  priC ← primosomal replication protein N''

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb489,6320CT100.0% 188.7 / NA 69R135R (CGG→CGA) priCprimosomal replication protein N''
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (69/0);  total (69/0)

TTCCACTTCACGATGCAGCGTTTGCTGTTCCACGAGATCGGTCACCCGCGCCAGACGGGCTC  >  W3110S.gb/489587‑489648
                                             |                
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAg          >  1:781366/1‑54 (MQ=37)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGTGctc  >  1:1426318/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:378552/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:584884/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:579728/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:557559/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:493093/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:466462/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:42576/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:381600/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:637336/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:33909/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:306465/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:267294/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:257616/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:253611/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:252762/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:219366/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:215098/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:649923/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:659376/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:663049/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:680466/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:684400/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:709385/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:795085/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:795407/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:829786/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:873222/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:899381/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:967698/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:969312/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:980835/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:986274/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1146058/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1008030/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:12968/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:124354/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1210940/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1196350/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1183103/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1182359/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1173710/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1319167/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1144020/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1121068/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1093101/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1070157/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1062468/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1059211/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1019907/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1412271/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:201031/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:198209/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:177495/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:14810/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1460925/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1437974/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:132099/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1408991/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1359159/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1327379/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:1321463/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGct   >  1:1411917/1‑61 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGct   >  1:1103790/1‑61 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGct   >  1:555878/1‑61 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGGGct   >  1:105889/1‑61 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGCGGTCGCTCGCGCCAGACGCGctc  >  1:364493/1‑62 (MQ=255)
ttCCACTTCACGATGCAGCGTCTGCTGTTCCACGAGAGAGGTCGCTCGCGCCAGACGGGctc  >  1:133066/1‑62 (MQ=255)
                                             |                
TTCCACTTCACGATGCAGCGTTTGCTGTTCCACGAGATCGGTCACCCGCGCCAGACGGGCTC  >  W3110S.gb/489587‑489648

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A