Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 534,321 T→C G394G (GGT→GGC)  gcl → glyoxylate carboligase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb534,3210TC100.0% 317.6 / NA 112G394G (GGT→GGC) gclglyoxylate carboligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (112/0);  total (112/0)

Only 100 of 112 total aligned reads displayed.

GAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTG  >  W3110S.gb/534276‑534324
                                             |   
gAACAAGGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:661149/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCCCCATTGGCCTg  >  1:270443/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCt   >  1:54683/1‑48 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:534163/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:691753/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:678060/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:633280/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:628176/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:625377/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:616790/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:606878/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:575339/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:572744/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:5676/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:697781/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:533177/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:513224/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:501260/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:483734/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:480314/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:477844/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:468921/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:462116/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:457743/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:453962/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:445247/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:850720/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:982351/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:962332/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:949274/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:942187/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:941254/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:936765/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:930769/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:92931/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:902796/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:888797/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:876410/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:853521/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:432735/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:832890/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:824446/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:821387/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:787328/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:765683/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:755294/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:745619/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:727507/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:715923/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:708515/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:704083/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1167195/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:12820/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1274109/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1264206/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1249836/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1248244/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1247310/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1241883/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1236324/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1205410/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1205016/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1189514/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:11674/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1310220/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1147352/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1135551/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1117060/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1086163/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1063525/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1063194/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1055952/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1045817/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:104069/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1026129/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1018532/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:202063/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:411101/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:408980/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:408266/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:398326/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:382530/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:381324/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:349715/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:330389/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:253912/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:221397/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:220870/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:100100/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:166471/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:161062/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:149793/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1454514/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1426774/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1423809/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1414496/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1405954/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1365858/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:136516/1‑49 (MQ=38)
gAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGCCTg  >  1:1326285/1‑49 (MQ=38)
                                             |   
GAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTG  >  W3110S.gb/534276‑534324

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A