Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 564,323 G→A I293I (ATC→ATT)  intD ← predicted integrase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb564,3230GA81.9% 145.5 / 22.0 83I293I (ATC→ATT) intDpredicted integrase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (15/0);  new base A (68/0);  total (83/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GACGACAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGTTGATGTTCCATCTGCT  >  W3110S.gb/564289‑564365
                                  |                                          
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:1063887/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:477313/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:482108/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:601686/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:716458/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:140661/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:1333649/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:1326586/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:828519/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:841440/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:843141/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:1095792/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:990641/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:1137955/1‑62 (MQ=255)
gacgacAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTCTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGtt                 >  1:72575/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGcat                  >  1:243459/1‑44 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGa               >  1:691719/1‑49 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATc      >  1:1143622/1‑58 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGc   >  1:1295547/1‑61 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGc   >  1:409046/1‑61 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGc   >  1:988605/1‑61 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGc   >  1:393767/1‑61 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGc   >  1:643484/1‑61 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGc   >  1:764372/1‑61 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGc   >  1:141332/1‑61 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGc   >  1:191114/1‑61 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGc   >  1:1419826/1‑61 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGc   >  1:305558/1‑61 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:724442/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:61140/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:998744/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:580971/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:576529/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1017919/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:554424/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:488430/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:649362/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:673055/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:997751/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:902591/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:733686/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:733867/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:745278/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:785739/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:821105/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:93290/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:832086/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:836594/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:912178/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1195604/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1415009/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1394136/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:136847/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1341918/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1273026/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1264280/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1252921/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1215766/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:141906/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1194276/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:118272/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:113870/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1122408/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:111357/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1103531/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:108788/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:27252/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:461707/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:455226/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:432605/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:391169/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:382525/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:317865/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:283130/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:277558/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:467271/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:251928/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:232243/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:221330/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:196575/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:185836/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1468212/1‑62 (MQ=255)
               gCCATGCTGTCTTGCTGTCAATGCGCATCTTCCTGAGCGCAGGCATTGATGTTCCATCTGCt  >  1:1432105/1‑62 (MQ=255)
                                  |                                          
GACGACAAGCTGATAGCCATGATGTCTTGCTGTCGATGCGCATCTTCCTGACCGCAGGCGTTGATGTTCCATCTGCT  >  W3110S.gb/564289‑564365

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A