Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I2 R1
|
721 |
0.0 |
1472758 |
54.8% |
807071 |
56.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
631,455 |
G→A |
K17K (AAG→AAA) |
ybdD → |
conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 631,455 | 0 | G | A | 100.0%
| 158.1
/ NA
| 58 | K17K (AAG→AAA) | ybdD | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (0/58); total (0/58) |
CGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAA > W3110S.gb/631451‑631508
|
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:618553/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:410482/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:417184/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:43815/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:45355/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:462995/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:488352/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:518283/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:527458/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:547505/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:578807/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:583743/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:594186/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:613812/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:614035/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:405972/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:644660/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:66932/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:722104/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:727365/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:737309/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:742899/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:769057/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:773178/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:832575/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:845737/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:901074/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:984186/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:989233/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1349439/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1023269/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:103224/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1062378/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1072080/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1079866/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1140254/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1151415/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1171714/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1209380/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1210341/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1249267/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:124939/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1267020/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1003210/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1370431/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1385507/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1421454/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:152291/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:156135/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:190178/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:239634/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:251323/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:314207/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:336815/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:340344/58‑1 (MQ=255)
cgAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:386208/58‑1 (MQ=255)
gAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:1202095/57‑1 (MQ=255)
gAAACTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa < 1:274429/57‑1 (MQ=255)
|
CGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAA > W3110S.gb/631451‑631508
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
