Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 760,684 A→T V519V (GTA→GTT)  sucA → 2‑oxoglutarate decarboxylase, thiamin‑requiring

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb760,6840AT100.0% 347.5 / NA 124V519V (GTA→GTT) sucA2‑oxoglutarate decarboxylase, thiamin‑requiring
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (0/124);  total (0/124)

Only 100 of 124 total aligned reads displayed.

GGCGATTGCGTAGTGGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGC  >  W3110S.gb/760673‑760730
           |                                              
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTTGTCGc  <  1:824731/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGgcgc  <  1:712833/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:541655/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:647853/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:646533/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:629754/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:60517/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:601536/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:597829/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:593134/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:569238/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:568012/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:564814/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:554286/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:662847/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:536190/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:513367/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:511728/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:463883/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:411819/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:403459/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:389483/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:388586/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:382047/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:376380/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1019732/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:789393/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:983075/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:978554/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:976058/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:974400/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:953443/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:944886/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:930888/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:923190/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:87571/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:857316/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:824634/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:650731/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:783416/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:77101/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:74981/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:731898/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:723156/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:719640/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:689185/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:675898/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:669108/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:351809/58‑1 (MQ=255)
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ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1357916/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1351605/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1344799/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1343140/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1313633/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1288618/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1246201/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1197452/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1193090/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1168379/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1152806/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1146277/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1385892/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1143468/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1139733/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1113496/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1100487/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1083570/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1081690/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1081104/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1078840/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1075037/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1054867/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1053402/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1031088/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:208765/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:312257/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:307833/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:301237/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:289613/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:272294/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:269903/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:260745/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:237904/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:232134/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:317846/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:195147/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:18066/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:175754/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:164112/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:155702/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1461467/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:145639/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1440522/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:143280/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1415639/58‑1 (MQ=255)
ggCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:1405942/58‑1 (MQ=255)
 gCGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:211971/57‑1 (MQ=255)
  cGATTGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGc  <  1:397259/56‑1 (MQ=255)
      tGCGTTGTAGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATTCACTCTTTCACCTGGTctc  <  1:423174/52‑3 (MQ=255)
           |                                              
GGCGATTGCGTAGTGGCAGAGTGGCGTCCGATGAACATGCACTCTTTCACCTGGTCGC  >  W3110S.gb/760673‑760730

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A