Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 870,106 T→C L92L (TTG→CTG)  yliB → predicted peptide transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb870,1060TC100.0% 264.3 / NA 93L92L (TTG→CTG) yliBpredicted peptide transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (93/0);  total (93/0)

CACCGTGAAATTGCGGGAAGGCATTAAATTCCAGGATGGCA  >  W3110S.gb/870096‑870136
          |                              
cacCGTGAAACTGCGGGGAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:922360/1‑39 (MQ=255)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:471657/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:708571/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:703963/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:691824/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:686703/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:682369/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:6562/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:61953/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:561505/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:543613/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:497782/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:472813/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:761100/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:443737/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:422691/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:413149/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:38814/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:377209/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:375080/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:370864/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:357213/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1004953/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:893162/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:989148/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:975989/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:971540/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:960604/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:950760/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:947734/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:938241/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:932197/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:907469/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:903001/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:73431/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:868843/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:864127/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:857068/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:844913/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:826027/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:811414/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:801232/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:787134/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:78466/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:354864/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:117701/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1374747/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1369421/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:136670/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1345441/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1326333/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1314305/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1298668/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1226201/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1216406/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1210383/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:343433/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1159529/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1154560/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1144859/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1133657/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1125056/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1112431/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1065044/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1045734/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1044454/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1042721/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1454308/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:315885/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:295208/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:288743/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:288404/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:254160/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:193750/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:191437/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:153776/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:152002/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1464899/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1432463/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:327326/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1431985/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:354084/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1419842/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1416832/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1401403/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1396694/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATggaa  >  1:1380362/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATgga   >  1:1382608/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATgga   >  1:976108/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATgga   >  1:1302874/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATgg    >  1:853581/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGGAAGGAATTAAATTCCAGGATgg    >  1:680923/1‑39 (MQ=38)
cacCGTGAAACTGCGGCAAGGAATTAAATACCAGGATggaa  >  1:1042691/1‑39 (MQ=19)
          |                              
CACCGTGAAATTGCGGGAAGGCATTAAATTCCAGGATGGCA  >  W3110S.gb/870096‑870136

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A