Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 895,602 A→G M64V (ATG→GTG)  potG → putrescine transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb895,6020AG100.0% 319.7 / NA 112M64V (ATG→GTG) potGputrescine transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/112);  total (0/112)

Only 100 of 112 total aligned reads displayed.

CATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTATGCTGGCAGGTTTCGAACAACCTTCTGCC  >  W3110S.gb/895570‑895631
                                |                             
cATCCGGCTGTGGCTAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1066687/62‑1 (MQ=255)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGTACAACCTTCGGcc  <  1:956946/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:416024/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:600943/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:523428/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:49605/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:487182/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:483125/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:477409/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:477061/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:462796/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:458763/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:441242/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:436691/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:421917/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:625563/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:40464/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:356591/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:351724/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:349445/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:344930/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:339791/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:324477/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:299512/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:279526/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1003163/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:81677/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:980475/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:972294/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:956198/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:939377/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:924776/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:922763/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:910681/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:902676/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:893113/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:893020/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:821541/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:603066/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:769539/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:755573/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:737676/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:722991/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:705354/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:686487/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:679239/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:640157/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:631774/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:278056/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:111356/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:252061/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1224333/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1204676/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:119807/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1190269/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1176684/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1155510/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1144930/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1137505/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1117978/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1117694/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1233076/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1109175/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1101793/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1099160/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1085601/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1082118/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1072622/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1067769/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1065869/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1045629/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1031452/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1014578/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1333926/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:233835/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:198550/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:198206/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:157137/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1454482/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1452953/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1445537/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1420049/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:141406/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1397724/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1396879/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1352425/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1332683/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1330757/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1317441/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1314792/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1292785/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1269159/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1265596/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1265120/62‑1 (MQ=38)
cATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1251401/62‑1 (MQ=38)
cATCAGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1249607/62‑1 (MQ=255)
 aTCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:452730/61‑1 (MQ=38)
 aTCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAAGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:735137/61‑1 (MQ=38)
           ggCAAGTCCACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:949219/51‑1 (MQ=38)
                   cACGCTGCTGCGTGTGCTGGCAGGTTTTGAACAACCTTCGGcc  <  1:1164797/43‑1 (MQ=37)
                                |                             
CATCCGGCTGTGGCAAGTCCACGCTGCTGCGTATGCTGGCAGGTTTCGAACAACCTTCTGCC  >  W3110S.gb/895570‑895631

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A