Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 916,752 A→G intergenic (‑283/‑143) aqpZ ← / → ybjD aquaporin/conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb916,7520AG100.0% 268.3 / NA 94intergenic (‑283/‑143)aqpZ/ybjDaquaporin/conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (94/0);  total (94/0)

CGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCA  >  W3110S.gb/916695‑916755
                                                          |   
cGTAATAAAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTc   >  1:511820/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTc   >  1:600546/1‑60 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTc   >  1:151092/1‑60 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTc   >  1:935026/1‑60 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTc   >  1:1217375/1‑60 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTc   >  1:120529/1‑60 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTc   >  1:483178/1‑60 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTc   >  1:1005337/1‑60 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:626164/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:793587/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:790829/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:75747/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:71596/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:684390/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:670005/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:659620/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:649483/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:558236/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:614549/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:818876/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:599295/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:592641/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:529060/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:54161/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:567584/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:562676/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:952535/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:995258/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:9928/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:98861/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:984879/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:980212/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:97755/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:973371/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:966010/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:964226/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:96002/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:954216/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:795733/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:919552/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:918886/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:916953/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:908623/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:907326/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:886023/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:850784/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:819558/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:468470/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:796495/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1251301/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:48179/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1420288/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1390245/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1353311/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1342026/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1318760/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1316509/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1304616/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1300204/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1263233/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1451375/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1247425/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1237078/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1200885/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1169178/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1163745/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1147185/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1123222/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:111922/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1096428/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1094335/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:263882/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:481491/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:441389/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:428898/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:414760/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:409201/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:345021/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:328083/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:303629/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:30101/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:287430/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:276629/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:150295/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:251206/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:245923/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:235463/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:226230/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:205348/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:187804/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:175098/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:166159/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGAATTGTCa  >  1:1331394/1‑61 (MQ=255)
cGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATCTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTGTCa  >  1:1338820/1‑61 (MQ=255)
                                                          |   
CGTAAT‑AAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCA  >  W3110S.gb/916695‑916755

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A