Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,094,011 G→T L238L (CTG→CTT)  ycdT → predicted diguanylate cyclase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,094,0110GT100.0% 293.3 / NA 106L238L (CTG→CTT) ycdTpredicted diguanylate cyclase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (106/0);  total (106/0)

Only 100 of 106 total aligned reads displayed.

TTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCAC  >  W3110S.gb/1093981‑1094040
                              |                             
ttttttTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1135250/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTttatt                          >  1:344596/1‑36 (MQ=37)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTcc    >  1:118069/1‑58 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:417684/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:663898/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:660501/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:617694/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:608267/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:603987/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:594447/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:550130/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:495901/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:479670/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:470432/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:448744/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:430742/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:715044/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:412287/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:408913/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:383795/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:381721/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:361602/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:34516/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:329023/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:328197/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:324580/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:862958/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:966255/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:963384/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:960360/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:931784/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:925523/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:909916/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:901460/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:899904/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:899156/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:875622/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:871592/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:702281/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:85503/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:833063/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:824170/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:798734/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:781269/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:770791/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:76395/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:747447/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:722565/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:716930/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:306170/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1203130/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1061200/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1363400/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1331736/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:13096/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1298855/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1296723/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1293722/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1284474/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1274420/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:124579/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1213231/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:120372/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1370363/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1194077/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:118713/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1182002/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1164469/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1162291/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1145816/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1130425/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1118426/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1113664/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1110111/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1106097/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1385301/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:301722/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:300248/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:281968/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:274132/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:265637/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:260197/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:255618/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:251307/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:250184/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:241446/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:221647/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:211974/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:198549/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:158675/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1470313/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1447194/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1428504/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1408977/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1403910/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1388737/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1387014/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCat  >  1:1378280/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCa   >  1:848021/1‑59 (MQ=255)
tttttGTGCCGTACTGTACAATGTCTCTCTTTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTATCCat  >  1:318294/1‑59 (MQ=255)
                              |                             
TTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCAC  >  W3110S.gb/1093981‑1094040

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A