Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,339,644 A→G R700R (CGA→CGG)  acnA → aconitate hydratase 1

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,339,6440AG100.0% 205.2 / NA 73R700R (CGA→CGG) acnAaconitate hydratase 1
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/73);  total (0/73)

AGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTACGGTTCGCGGCGTGGTAACCATG  >  W3110S.gb/1339626‑1339684
                  |                                        
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:581442/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:71252/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:705173/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:679445/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:653994/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:64512/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:623109/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:615467/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:607749/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:72424/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:563432/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:555342/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:553217/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:52419/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:500858/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:477949/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:462690/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1015141/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:837398/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:964211/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:923943/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:899544/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:897935/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:897309/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:877556/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:867568/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:859277/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:401306/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:81810/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:776491/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:758585/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:74367/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:739380/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:738829/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:737718/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:726001/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1249062/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:152814/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1463823/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1429213/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1414942/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1402830/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1382740/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1346305/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:125547/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:359428/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1234286/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1185094/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1175525/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1130062/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:109749/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1030580/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1030242/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:17223/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:368241/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:353723/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:353706/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:34590/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:319439/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:308670/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:296031/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:294533/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:235543/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:232581/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:193840/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:191107/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:157360/59‑1 (MQ=255)
aGGTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTAGTAACCATg  <  1:1340870/59‑1 (MQ=255)
 ggTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:300732/58‑1 (MQ=255)
 ggTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1094197/58‑1 (MQ=255)
 ggTCGGGGTGTTGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:1027123/58‑1 (MQ=255)
           ttGAGCGGAAAGACTTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCATg  <  1:591440/48‑1 (MQ=255)
            tGAGCGGAAAGAATTTAACTCCTATGGTTCGCGGCGTGGTAACCAtt  <  1:599920/47‑2 (MQ=255)
                  |                                        
AGGTCGGGGTGTTGAGCGAAAAGACTTTAACTCCTACGGTTCGCGGCGTGGTAACCATG  >  W3110S.gb/1339626‑1339684

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A