Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,019,278 A→C A196A (GCA→GCC)  fliI → flagellum‑specific ATP synthase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,019,2780AC100.0% 271.5 / NA 95A196A (GCA→GCC) fliIflagellum‑specific ATP synthase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base C (0/95);  total (0/95)

GTTGGTAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCACGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGT  >  W3110S.gb/2019246‑2019307
                                |                             
gTTGGGAAAAGTGTGGTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:90726/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGTTGGCCCGTTAGACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:174229/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCgc  <  1:1164508/62‑2 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:408758/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:65016/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:554460/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:540284/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:495612/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:495324/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:45886/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:454425/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:43/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:408773/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:724448/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:31921/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:311082/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:297830/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:27494/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:254443/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:228937/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:200902/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:866386/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:999401/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:994852/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:967059/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:94732/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:942835/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:896974/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:893541/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:881029/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:681487/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:797659/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:79609/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:771659/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:764892/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:760697/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:73543/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:727583/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:343561/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1125568/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1282125/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1274755/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:126615/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1256757/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1253835/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:125216/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1172955/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1147345/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:170340/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1100327/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1097255/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1088281/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1049232/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1037941/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1027493/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1017083/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:180463/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1303430/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1402215/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1406390/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1369668/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1422862/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1429092/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1313315/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1303744/62‑1 (MQ=255)
gTTGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGAAGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1006521/62‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTTTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:296741/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:104095/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:93735/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:959349/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:960426/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1434036/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:987279/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1127881/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:343879/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:344551/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:478072/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1179121/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:402985/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:703645/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:479376/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:691955/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:481989/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:635759/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1293532/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:604568/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:576525/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:44658/61‑1 (MQ=255)
 ttGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:516539/61‑1 (MQ=255)
  tGGGAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:770939/60‑1 (MQ=255)
    ggaaaaGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCCAGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:151821/56‑1 (MQ=255)
                 gctgGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1263267/45‑1 (MQ=255)
                 gctgGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1112319/45‑1 (MQ=255)
                  ctgGGGATGATGGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1160825/44‑1 (MQ=255)
                           atgGCCCGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGt  <  1:1051911/35‑1 (MQ=255)
                                |                             
GTTGGTAAAAGTGTGCTGCTGGGGATGATGGCACGTTACACCCGCGCCGATGTCATTGTCGT  >  W3110S.gb/2019246‑2019307

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A