Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,267,778 A→G L194L (TTA→TTG)  setB → lactose/glucose efflux system

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,267,7780AG100.0% 187.6 / NA 67L194L (TTA→TTG) setBlactose/glucose efflux system
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/67);  total (0/67)

TTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAGAGCTTCCGCT  >  W3110S.gb/2267743‑2267804
                                   |                          
tttATTGTTTGCTGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1419362/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTTGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:818690/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:378838/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:66270/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:605697/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:594808/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:582740/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:548937/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:547706/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:533112/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:386886/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:70118/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:368110/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:33822/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:319522/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:238951/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1029821/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:227037/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:732738/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:733107/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:744588/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:750227/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:762645/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:770328/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:776064/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:812541/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:816818/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:825108/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:865288/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:86621/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:915732/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:936476/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:175377/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1031275/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1053524/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1055240/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1113137/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:11171/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:112323/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1133509/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1156859/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1166460/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1172001/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1191614/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1247158/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1296764/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1384970/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:212552/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:149087/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1448931/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1434802/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1430985/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1321571/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1382559/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1369990/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:135199/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1350305/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTACGCt  <  1:1218920/62‑1 (MQ=37)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGGCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1200404/62‑1 (MQ=37)
tttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGGGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:889274/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGTGAGGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:139158/62‑1 (MQ=38)
tttATTGTTTGCGGCGGGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1360169/62‑1 (MQ=38)
 ttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:750978/61‑1 (MQ=38)
 ttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1112276/61‑1 (MQ=38)
 ttATTGTTTGCGGCGTGATGGTGTGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:2535/61‑1 (MQ=38)
                tgATGGTGGGGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:750842/46‑1 (MQ=37)
                      tgtgGCTGTTTTTGCCGTCGATGCAAAAAGAGCTTCCGCt  <  1:1096591/40‑1 (MQ=37)
                                   |                          
TTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAGAGCTTCCGCT  >  W3110S.gb/2267743‑2267804

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A